20世紀90年代，壹場毀滅性的棉鈴蟲災害使我國的棉花產業瀕臨絕境，為了對付鋪天蓋地的棉鈴蟲，棉農只能用農藥防治，打藥遍數越來越多，濃度也越來越高，棉鈴蟲仍難以防治，采用人工捉蟲，棉鈴蟲的繁殖力驚人，根本捉不完，致使部分棉田沒有收成，大部分棉田減產50%以上。兩三年期間，我國的棉花種植面積從667萬公頃銳減到400萬公頃，國家與棉農的經濟損失超過400億元，紡織工業停頓、出口創匯大幅縮水，全國棉花產業面臨極大困難。此時，美國轉Bt基因抗蟲棉乘勢而入，欲占領中國抗蟲棉品種市場。棉花所看在眼裏，急在心上，作為我國棉花科研的國家隊，絕不甘心落後，並以高度的民族責任感，決心培育出具有我國自主知識產權的轉基因抗蟲棉。棉花所應用中國農業科學院專家制備的抗蟲基因，研發成功第壹批轉基因抗蟲棉品種中棉所29（2006年獲國家科技進步獎二等獎）等，使我國成為繼美國之後世界上第二個擁有自主知識產權的轉基因抗蟲棉國家。隨後，棉花所繼續積極發揮國家隊作用，聯合國內多家高等院校、科研機構開展協同攻關。先後承接了上遊北京大學、清華大學、復旦大學、中國農業大學、中科院上海植生所、微生物所、中國農科院生物等30余家在基因挖掘和構建的優勢單位，聯合了山東、安徽、湖北、新疆、遼寧等全國11個棉區在遺傳轉化、新品種培育、新材料創制等應用研究方面的優勢單位；同時帶動了全國14個棉花主產省的種子管理和農技服務部門，通過科研合作、協同攻關，成功培育了具有自主知識產權的國產雙價轉基因抗蟲棉中棉所41（2009年獲國家科技進步獎二等獎）、中棉所60、中棉所63等，徹底打破了美國抗蟲棉的壟斷。
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