結論：股東入股以後不能退股，想讓小股東退出公司，可以協商，讓小股東把股份轉讓給妳。有可能是溢價購買小股東的股份，但肯定不是賠償金。
提問者使用了“退股”這個名詞，股東入股以後，不能退股。股東無論是用實物、貨幣、知識產權或是其他法律允許的方式出資，都是所有權的轉移，而不是簡單的給公司使用。
例如：A用壹輛寶馬轎車向公司出資，出資之前寶馬轎車的所有權人是A，而完成出資之後，寶馬轎車的所有權人就變成了公司，A得到的對價是公司的部分股份。
股東以出資的方式將所有權轉移給公司，這就是公司法上規定的公司是企業法人，有獨立的法人財產，享有法人財產權。股東出資後退股，就等於是破壞了法人的獨立財產。
公司法還規定，公司以其全部財產對公司的債務人承擔責任。公司成立以後，就會以自己的名義對外發生各種關系，比如公司的車輛發生了交通事故，如果被判定公司為責任方，就需要公司去賠償，這就產生了侵權責任之債，民法上的債分為合同之債，不當得利之債，侵權責任之債和無因管理之債。
這些都需要以公司的全部財產來對債權人承擔責任的，而股東退股了，就等於公司償債能力降低了，有可能就會侵害到債權人的利益，所以股東出資以後，是不允許的退股的，這是公司法的基本原理。
股權是可以轉讓的，所以建議提問者先與小股東協商，協商肯定不會涉及賠償金問題，最多是溢價購買小股東的股權，而不是賠償金。如果小股東漫天要價，提問者不能承受，就把公司的情況描述清楚壹些，大股東對付小股東的辦法還是很多的，但需要具體情況具體分析。