（壹）辦公室
負責局機關政務工作，督促檢查局機關各項工作制度的落實；負責局會議的組織和會議決定事項的督辦；負責文秘與公文管理、辦公自動化、重要文件的起草、政務信息、機要、保密、檔案、信訪、保衛、計劃生育、接待和行政事務管理工作；負責人大建議和政協提案的辦理；負責全市衛生事業有關政策、法規、信息的調研、綜合協調和草擬工作；負責局機關財務報賬和資產管理等工作；負責衛生政策、信息的交流和編輯信息刊物；負責市衛生綜合目標管理等工作。
（二）政治工作處
按照幹部管理權限，負責局直屬單位領導班子的考核、管理、任免和後備幹部的選拔、培養、考察工作；指導基層黨組織的建設；負責黨員幹部及職工的思想政治教育、醫德醫風教育等工作；組織評選表彰優秀黨員和先進黨務工作者；負責局屬單位政工職稱申報工作；負責局系統的宣傳通信報道和機關黨委的工作；負責黨的統壹戰線工作；落實離休幹部的“兩個待遇”；負責局屬單位***青團組織的建設，協助基層選拔青年幹部和配備***青團幹部；負責紀檢監察幹部隊伍建設，負責黨風黨紀教育工作，負責紀檢、監察信訪工作，查處黨內違法違紀案件。
（三）人事處
制定全市衛生人才發展規劃；負責全市衛生系列專業技術人員的專業技術資格和職務評審、申報工作；負責局屬單位專業技術崗位的設置和專業技術人員的聘用管理工作；負責局機關及局系統機構編制、幹部人事、勞動工資的管理工作；組織實施局目標責任制的考核、獎懲工作；承擔全市衛生專業技術人員的人事代理工作。
（四）規劃資金處
擬定全市衛生事業發展規劃和年度計劃，指導全市區域衛生規劃工作，協調全市衛生資源配置；編制市級衛生財務預算、決算，對衛生事業經費使用進行監督管理；管理局屬單位的國有資產；指導監督局屬單位財務計劃和基建年度計劃的執行；負責全市醫療衛生機構的服務價格管理、監督工作；組織實施國家衛生裝備標準；負責編制全市基層醫療單位基本建設、裝備計劃並監督實施；負責全市農村衛生三項建設規劃和年度計劃的實施工作，協調國外衛生貸款的利用工作；負責全市衛生統計、衛生信息，指導市衛生產業協會工作。
（五）衛生法制與監督處
擬定全市衛生立法規劃、衛生法規、技術規範、服務標準，並監督實施；負責全市衛生行政訴訟的復議、應訴和對衛生執法的監督；監督管理全市傳染病防治和食品、職業、環境、放射、學校衛生等工作；監督實施食品、化妝品、消毒產品、保健產品等與健康相關產品質量管理規範並負責認證工作。
（六）婦幼保健與社區衛生處
貫徹執行全市婦幼保健與生殖健康、社區衛生、健康教育和健康促進及衛生科普等相關法律、法規和政策；研究擬定城市基層衛生改革的有關政策法規，並組織實施；依照《母嬰保健法》及配套法規，監督管理母嬰保健專項技術的實施；組織制定和監督與實施提高全市出生人口素指供作的規劃、政策措施和技術標準；研究擬定城市基層衛生服務網絡以及婦幼保健、健康教育機構建設及管理的有關政策、規章、技術服務標準和培訓計劃，並指導實施；綜合協調全市健康促進與健康教育工作。
（七）醫政處
指導全市醫療機構改革，制定全市醫療機構發展規劃；制定醫療機構的管理辦法和機構標準、執業標準、執業資格、服務規範並監督實施；監督醫療機構的醫療質量和服務質量；制定各項醫療技術標準並組織實施；負責西安地區醫療糾紛、醫療事故的技術鑒定和處理工作；制定西安地區采、供血機構設置規劃、技術標準，並進行管理、監督、檢查；完善西安地區急救網絡；協助有關部門對重大人員傷亡事件組織緊急救護；負責全市離休幹部、副局級以上領導幹部和高級科技人員的醫療、 保健服務工作。
（八）疾病控制處（市愛國衛生運動委員會辦公室、市地方病防治辦公室）
擬定全市傳染病、慢性非傳染性疾病及與公***衛生相關的疾病的防治規劃和措施，並監督實施；組織對重大傳染病的綜合防治；組織調度技術力量，對突發疫情、病情實施緊急處置；防止和控制疫情、疾病的發生和蔓延；負責全市計劃免疫工作；負責全市公***衛生政策、法規的宣傳工作；承辦市愛國衛生運動委員會辦公室、市地方病防治辦公室的日常工作。
（九）科技教育處
負責制定實施全市醫學科技、醫學教育發展的長遠規劃和年度計劃；確定全市衛生科技優先發展領域，擬定全市醫學重大疾病研究、應用研究政策和措施；組織研究醫學衛生技術標準；組織醫藥衛生科技攻關，負責醫學新技術的引進和推廣，指導全市醫學科技成果的評審、鑒定、申報和獎勵；負責先進適宜技術的推廣和重大醫學科技成果的轉化；負責醫學科技信息交流、知識產權保護等工作；做好全市醫學重點學科、重點專科的建設和管理；擬定全市醫學教育發展規劃和繼續醫學教育管理辦法，並監督實施；負責全市衛生系統科技交流活動。
（十）中醫處
貫徹黨的中醫方針、政策及法律、法規；制定本市中醫及中西醫結合事業發展規劃和年度計劃並組織實施；負責中醫醫療、科研、教育工作；規劃、指導和協調全市中醫醫療、科研教學機構的結構布局及運行機制的改革；擬定全市各類中醫醫療機構的管理規範和技術標準並監督執行；執行中醫行業醫療人員執業資格制度；研究和指導全市中西醫工作，擬定有關管理規範和技術標準；組織實施全市中醫藥科研、技術開發以及重大中醫藥科技成果的獎勵、推廣、保密工作；組織擬定全市中醫藥人員的專業技術培訓和繼續教育規劃，負責中醫藥學術經驗的繼承、整理和研究工作；指導中醫學會工作；安排中醫衛生經費和基建經費，並負責組織實施和監督檢查。聯系
（十壹）農村衛生管理處（西安市新型農村合作醫療辦公室）
貫徹執行國家、省農村衛生相關法律、法規和規章；擬訂全市農村衛生事業改革和發展、新型農村合作醫療及農村初級衛生保健政策、規劃並組織實施；負責新型農村合作醫療制度的推廣和綜合管理工作，制定全市農村衛生服務體系建設規劃並組織實施；協調指導各區縣落實國家、省農村衛生工作的相關政策；依法監督和指導縣級衛生行政部門鄉村醫生考核、執業註冊等管理工作；收集、分析農村衛生相關信息。
（十二）機關離退休人員服務管理處。
機關黨的機構按照黨章規定設置。
紀檢、監察機構按照市紀發〔2002〕7號文件規定設置。