第壹個海洋基因工程實驗室
許遜院士創建了中國第壹個海洋基因工程實驗室。許遜院士創辦的海洋生物遺傳工程實驗室是國家海洋局重點實驗室，現已更名為“國家海洋局海洋生物遺傳資源重點實驗室”。在許遜院士的帶領下，實驗室科技人員完成了多項國家、省、局級重點研究項目，使我國海洋基因工程技術得到了快速發展。2002年，在科技部組織的專家組評估中，重點實驗室被評為優秀，整體水平國內領先，部分達到國際先進水平。目前，重點實驗室正在積極申報國家重點實驗室。
許遜院士為基因工程技術在海水養殖中的應用做了開創性的工作。起初，她從中國招募的三種海水魚的腦垂體中提取並克隆了魚類生長激素基因。經過多年的努力，她構建了壹種高表達的基因工程酵母用於生產。其發酵產品能促進高檔海洋魚類快速生長，鑒定委員會認為這壹成果“進入國際先進水平”。網箱養殖試驗表明，含有該發酵產物的飼料可提高養殖產量20%以上，具有很大的經濟價值。目前這壹成果已通過專家驗收，國內外多家公司願意合作開發。同時，魚類生長激素基因是我國第壹個具有自主知識產權的海洋生物基因。
海洋環境中病原生物汙染的監測
許遜院士是應用基因工程技術監測海洋環境病原體汙染的第壹人。在1995和1998國際學術會議上，許遜院士應邀作了“分子生物學技術在海洋環境汙染研究中的應用”的專題報告。該技術被專家組鑒定為“成果達到國際先進水平，關鍵技術TCA制備方法國際先進”。近年來，實驗室利用該技術對呂四、山東、福建等地海域進行了十壹個航次、幾十個站點的監測，對海洋病原汙染做出了及時預測，為防控提供了重要依據。此外，應聯合國教科文組織效應專家組提出的“優先研發重金屬汙染生物效應監測技術”的全球環境戰略要求，她在國內率先建立了酶標免疫分析技術，檢測重金屬汙染的海洋生物效應，是壹種早期、靈敏的汙染監測技術。由於許遜在海洋環境監測這壹重要領域的開創性工作，美國海洋環境研究所特別任命她為其高級科學顧問。
蝦白斑桿狀病毒的遺傳密碼
在世界上首次破譯了蝦白斑桿狀病毒(WSBV)的遺傳密碼。自1993以來，對蝦病害已造成我國數百億經濟損失，至今仍無良策。只有了解其主要病原——白斑桿狀病毒的基因結構，揭示病毒感染和增殖的機制，才能采取有效的對策。然而，當蝦細胞培養不成功時，很難直接從患病的蝦組織中純化病毒。在許遜院士的指導下，這項工作取得了重大突破。該實驗室是世界上第壹個獲得桿狀病毒完整DNA的實驗室。隨後，成功建立了對蝦桿狀病毒基因檢測技術，靈敏度高達102，可檢測水環境、沈積物、蝦苗、親蝦活體和餌料中的病毒，為控制對蝦養殖環境、掌握病毒感染途徑、指導防控提供了有力手段。更重要的是，在她的親自領導下，實驗室研究人員通過努力，確定了含有30萬個堿基對的對蝦病毒全基因組序列，在世界上率先破譯了對蝦白斑桿狀病毒的遺傳密碼。這壹成果被評為“1999中國十大基礎科學研究新聞”、“2000年中國十大科技進步”。這是世界上首次破解海洋動物病毒的基因結構，為人類了解海洋環境病毒的特征和機制提供了第壹個模型，為控制海洋病毒奠定了基礎。來自美國、加拿大和其他國家的專家高度贊賞這次訪問，並要求合作。1998年初，國外基因結構專家專程從美國來到中國對項目進行評估，給予了很高的評價。他們主動介入，科技部生物工程中心、北方基因中心和美國公司共同出資500萬元完成了全部基因分析工作。目前該項目水平處於世界前列，奠定了我國在該領域的國際學術領先地位。
經濟和社會效益
許遜院士的壹系列科技成果具有潛在的經濟效益和社會效益。許遜院士不僅十分重視應用基礎研究，而且十分重視科技成果的轉化，註重利用生物工程技術維護國家利益和服務經濟建設。在她的積極推動下，國家海洋局第三海洋研究所、中國海洋學協會和福建省科技廳在海洋生物遺傳資源重點實驗室的基礎上，分別建立了“中國海洋生物遺傳資源研發基地”和“福建生物工程技術研發中心”，致力於科技成果轉化。目前，重點實驗室的壹些科技成果正在推廣應用，有的處於試點階段，預期前景可觀。
許遜院士作為訪問學者，先後兩次在加州大學USCD分子遺傳中心工作，建立了多種海洋生物基因庫，從低等海洋生物中發現了人類功能蛋白的原始基因。這壹新發現對分子進化研究具有重要意義，引起國際關註。時任美國得克薩斯大學分子生物學研究所所長聖萊尼奧邀請徐院士主持其實驗室，並承諾給他高薪、安家費、終身職位等優厚待遇。，遠高於她在國內的工作條件和待遇，但她不為所動。她首先想到的不是待遇和工作環境，而是她知道她的事業在中國，她是新中國培養的科研人員。雖然她取得了壹些成就，但她個人生活中的壹切都離不開祖國的培養和支持。她毅然告別美國回到中國，充分表達了知識分子對中國領導下的社會主義祖國的真摯熱愛和對中國科學事業執著追求的高尚品格。
主編書籍有《海洋生物基因工程實驗指南》、《DNA重組技術》等。