2.業務種類不全。受人才、技術和資金的限制，中小金融機構提供的業務種類不全，服務功能不完善。部分中小金融機構不能開辦國際結算、外幣存貸款、信用卡業務等外匯業務，部分不能辦理銀行承兌匯票業務，不能參與全國統壹的貨幣市場業務進行融資和債券交易。由於業務類型單壹，不能滿足企業多樣化的金融服務需求，不利於業務競爭和增加創收渠道。
3.政策引導不到位。金融體制改革前，所有金融機構都屬於中央直屬企業。相關政策的制定，工作的安排，矛盾的協調，都是由國務院直接管理的。截至目前，國務院已經召開會議，直接針對國有政策性銀行、國有商業銀行、國有保險公司等金融企業制定政策。這就導致中小金融機構的政策引導不及時、不充分。表現在不能參加國務院金融工作會議，不能研究國家金融政策文件，不能及時傳達貫徹信貸政策和利率調整的規定。這些只能通過報紙、電視等新聞機構了解。雖然人民銀行地方分支機構具有政策指導職能，但目前PBOC多以事中事後監管為主，增加中間環節，影響了中小金融機構執行政策的及時性。既不利於國家貨幣政策的全面實施，也不利於中小金融機構的業務發展。
4.創新機制不完善。在當今激烈的金融競爭和多樣化的客戶需求下，金融創新是非常迫切和必要的。特別是對於傳統業務缺乏優勢的中小金融機構來說，開辟新業務是生存和發展的重要舉措。但由於規模、人才和技術的限制，中小金融機構缺乏創新型的專業人才和專業機構，沒有建立新業務研究、開發、試點、總結、推廣、獎懲的創新機制。有的領導創新觀念滯後，有的領導保守怕冒險，有的領導不懂業務，不研究創新。壹些新興業務推出後，配套的制度措施跟不上，存在很多風險隱患。金融創新機制不完善，影響新業務、新產品功能發揮。
5.抗風險能力不強。大部分城商行成立前資本較低，地方財政和企業出資後才達標。成立後，由於原有基礎薄弱，業務負擔重，近期效益不高。而且要保證股東利益，導致積累有限，資本不足。壞賬準備不足，不良貸款核銷有限，無法像國有商業銀行壹樣執行剝離政策，導致不良資產處置渠道單壹，化解風險能力弱。此外，存款規模相對較小，導致城商行抗風險能力較弱。
6.剩下的問題很難處理。大部分城市商業銀行是由以前的城市信用社重組而來。城市信用社壹般由人民銀行、各國商業銀行或街道辦事處設立。城市信用社成了建制單位的“小金庫”。編制部門在城市信用社分配資金、分配利潤、攤派費用、挪用固定資產的現象比較普遍。由於城市信用社已經與創辦單位脫鉤，這些遺留問題仍然無法解決。此外，由於手續不全等原因，部分原有不良貸款的清收難度很大。
7.自我管理受到限制。由於地方財政有股份，在利潤分配、資金使用、幹部任用、重大改革等方面都有不同程度的地方幹預。壹些商業銀行換屆時，由於當地政府和人民銀行意見不壹致，主要負責人的選任壹年都沒有定下來。同時，由於上繳利稅的地方性，限制了商業銀行用當年利潤彌補以前年度老信用社的虧損；不良貸款公開招標清收時，先還本金的做法不能被稅務機關認可，等等。這些都不利於商業銀行的發展。
8.歧視性政策限制。由於種種原因，壹些政府部門或垂直管理的企事業單位出臺了歧視城商行等中小金融機構的政策。如果有的政府部門下發文件，規定某項資金不能存放在中小金融機構，否則視為違紀；部分央企與某銀行聯手，下文要求必須在某銀行開立基本存款賬戶存款，不利於城商行業務競爭。
9.人員結構不合理。目前城商行的員工大多是原單位安排的子女及家屬，學歷低，專業培訓少。幾乎沒有錄取金融專業的大學生，安置的復員軍人也很少。人員類型單壹，結構不合理，不利於業務發展。
10，電子學歷不高。由於資金成本和科技投入有限的影響，即使近年來加大了投入，但由於起步較晚，電子化程度不高，影響了電子銀行等新興中間業務的起步，制約了金融創新的步伐。
二，促進中小金融機構發展的對策建議
1，多方並舉，疏通結算渠道。由於城商行的地域限制，無法形成全國性的結算網絡，也沒有那麽大的資金投入。城市商業銀行應通過加強橫向合作，充分利用現有的銀行結算網絡。壹方面，他們可以積極申請加入中國人民銀行的電子聯行世界對接結算網絡；另壹方面，可以通過其實時資金結算匯兌系統，加強與國有商業銀行的聯系，辦理異地資金結算業務。同時提高工作效率，加快憑證的內部傳遞，通過效率的提升來彌補自身的不足，不至於用結算的基本功能讓客戶感到不方便。
2.積極準備，增加業務種類。城市商業銀行應采取積極措施，拓展業務範圍。對人民銀行批準的業務範圍，要統籌規劃，全面啟動；對需要人民銀行備案的業務，要積極創造條件，主動開辦；對於需要人民銀行批準的業務，要積極向人民銀行申請，盡快開辦。通過增加業務品種、完善服務功能，將城市商業銀行打造成存、放、匯並舉，中間業務和表外業務並舉的多功能、綜合性、國際化、現代化精品銀行。這樣才能滿足客戶對各種金融服務的需求，不能因為業務範圍不全而流失客戶。
3.明確責任，加強政策引導。為了加強對城市商業銀行等中小金融機構的政策引導，可以采取三種方式解決政策傳導延遲問題。第壹，國家應該平等對待城市商業銀行、國有商業銀行等中小金融機構。國家財政文件同時下發，相關會議和活動同時出席。第二，地方人民銀行具體負責政策指導。人民銀行在逐級傳達國家金融政策時，也要求當地城市商業銀行等中小金融機構參與。三是中小金融機構，如城市商業銀行，成立聯合組織或推選代表直接參加國務院有關金融會議，直接接受國務院領導。然後，其聯合組織或代表組織將精神傳達給城市商業銀行。無論采取哪種方式，都將提高金融政策的傳導速度，加強對城商行等中小金融機構的政策引導，使城商行等中小金融機構在國家金融政策的正確引導下積極開展業務競爭。
4.加快創新步伐。人民銀行應將城商行等中小金融機構作為金融創新的試驗田，因為城商行等中小金融機構規模相對較小，便於測試和完善新的金融產品。因此，應采取支持和鼓勵政策，促進城市商業銀行等中小金融機構的金融創新。人民銀行在對城市商業銀行等中小金融機構進行評級時，應將創新作為重要指標，引導其積極開展業務創新。作為中小金融機構，首先，各級領導要增強創新意識，重視創新，研究創新，敢於創新。二是為創新創造有利條件。要大力引進創新所需的各類人才，加大科技投入，實行創新獎勵制度。通過創新開發新產品，吸引新客戶，提高競爭力。
5、政府協調，徹底解決遺留問題。針對城市商業銀行遺留的問題，政府和人民銀行要加強協調，按照誰設立誰負責處理的原則，成立壹個臨時機構，集中力量徹底解決。轉移的資金要落實到位，壹時不能落實到位的要轉為對商業銀行的貸款；分配的利潤由主辦單位從當年利潤中返還；被挪用的固定資產應當如數歸還；幹預不良貸款的要負責催收。對於通過各種渠道解決不了的遺留問題，要麽地方財政解決；或者，由城市商業銀行處理，不參與損益核算。只有這樣，城商行才能甩掉包袱，輕裝上陣，參與競爭。
6.完善機制，保證獨立運行。城市商業銀行多為股份制金融機構。要按照公司法的要求，完善統壹的公司治理結構，建立獨立的股東大會、董事會、監事會和經營班子，充分發揮其應有的作用，各司其職。政府、人民銀行和財稅部門要積極協調，不要盲目幹預；大力支持，不設障礙，使城市商業銀行在各方面的政策傾斜、積極支持下逐步發展壯大。
7.多措並舉，增強抗風險能力。城市商業銀行應堅持發展觀，在發展中增強抗風險能力。要大力組織存款，增強資金實力；要集中統壹管理資金，增強系統調控能力；要嚴格控制貸款門檻，確保新增貸款的高質量；要千方百計盤活不良貸款，努力提高整體資產質量；要按照規定籌集各類資金，增強發展後勁；要創造條件上市，擴大資本和其他手段，進壹步增強城市商業銀行抵禦風險的能力。
8.加強監管，公平合理競爭。政府和人民銀行要聯合清理歧視中小金融機構的政策文件。不可能限制某壹筆資金或某壹個系統存入城商行。個別政府部門、部分中央直屬企業和某國有商業銀行聯合發布的限制在城市商業銀行開戶和存款的文件予以廢止。人民銀行應加強這方面的監管，嚴禁發布任何歧視中小金融機構的文件，切實為城市商業銀行創造良好的公平競爭環境。
9、加強隊伍建設，提高人員素質。首先要抓好黨的建設，加強政治保障。通過政治理論學習，開展健康有益的活動，發揮黨組織的戰鬥堡壘作用。其次，要增強團隊活力，加強組織保障。各級領導班子要帶頭講學習、講政治、講廉潔，勤政廉政，率先垂範，解放思想，與時俱進，用全新的理念、現代的管理和科學的手段創新，搞好管理。三是提高隊伍素質，加強人的保障。要面向高校招收本科以上各類優秀人才；面向社會招聘具有中級以上職稱的優秀業務骨幹和管理人才；對現有員工采取學歷教育、在職培訓、技術培訓、業務競賽、考試考核、專家授課等方式，提高其理論水平和專業技能。
10，加大投入，提高電子化水平。城市商業銀行應通過多種方式籌集資金，努力增加科技投入，提高電子化經營水平。每年可以從成本中切出壹塊作為科技專項費用，保證科技投入的增長；可以采取融資租賃的方式吸收外部資金發展自己的科技事業；可以加強與同行的科技合作，利用國有商業銀行的科技優勢，按照互惠互利的原則提高自身的科技水平。