行政準入門檻高，壟斷力量強。
眾所周知，醫藥行業的生產要受到國家行業部門的嚴格控制，行業內的企業要進行資質審查，取得許可證。因此，與其他行業相比，醫藥行業的進入門檻更高。國家醫藥產品管理局已經宣布，在2004年6月30日之前，中國所有的藥品和原料藥生產企業必須達到GMP要求並獲得證書。自2004年7月1日起，所有未取得相應GMP證書的企業壹律停產。特別是在新藥生產中，由於壹定的行政保護，其壟斷力量突出。
企業經濟規模小，行業集中度低。
企業經濟規模是工業企業降低生產成本的重要基礎。醫藥制造業壹般是技術密集型行業，對規模經濟的要求不是很高。然而，企業經濟規模對R&D投資、國際競爭力和企業長遠發展有很大影響。過去由於實行地方審批和地方利益傾向，每個行政區域審批設立藥品生產企業，造成全國藥品企業數量眾多，但每個企業生產規模相對較小，無法形成規模經濟。與發達國家相比，差距更加明顯。
競爭方式主要靠價格手段，技術創新、服務等非價格手段很少使用。
由於國內用藥水平低，進入國外市場困難，國內醫藥基礎研發薄弱，導致我國新藥研究預期收益率低，導致我國醫藥制造業研發投入不足。R & amp美國醫藥制造業；d實力是我國的7倍。2001年，中國在醫藥研發方面的投入只有141億元，而外資平均壹個新藥的研發投入是8億美元。此外，我國知識產權保護制度不完善也是創新不足的重要原因。與國外廣泛實施的專利保護制度相比，我國新藥的保護程度存在明顯差距。國外制藥商之所以能獲得較高的利潤回報，與其知識產權保護帶來的壟斷地位密不可分。
子行業競爭不平衡，優勢部門優勢不突出。
根據制藥方法和原料，醫藥行業可分為三個子行業:化學制藥行業、生物制藥行業和中成藥制藥行業。其中，生物制藥產業是壹個知識密集型、高科技、多學科融合、相互滲透的新興產業，其高投入、高技術、高風險的特點使其進入壁壘很高。我國生物技術的研究起步晚，基礎差，但從壹開始就受到國家的高度重視。目前，我國生物技術已發展到相當程度，年銷售額223億元，占醫藥制造業的8%。但從整體上看，我國生物制藥在資金投入、新藥開發能力和技術水平等方面遠遠落後於美、日、歐等發達國家，生物制藥產業化水平很低。化學制藥行業相對成熟，是我國制藥行業的主力軍。但由於技術含量較低，我國化學制藥產業的優勢尚未顯現。中成藥作為中國的瑰寶，全國年銷售額578億元，占醫藥制造業的21%。三個子行業中，中成藥和生物制藥利潤率達到11%，高於行業利潤率2個百分點，化學藥利潤率較低。造成這種情況的主要原因是化工醫藥行業重復建設比較嚴重，導致行業競爭激烈，藥企之間競相降低價格導致企業利潤率降低；相對而言，生物制藥由於資金投入要求高，形成了壹定的進入壁壘，中成藥由於配方多為專利技術，往往也形成了壹定的進入壁壘，因此生物制藥和中成藥的利潤空間相對較高。