在工業工程振動控制領域，尹學軍作為“工業工程振動控制關鍵技術的研究與應用”項目的第二完成人，獲得2014國家科技進步二等獎和中國機械工業集團科技特等獎。主持大型工業設備振動控制技術研究，建立了振動控制系統整體分析與測試技術，開創了大型沖擊設備振動響應預測技術，發明了高承載、高性能、耐沖擊的振動控制裝置，形成了壹整套技術。該技術已廣泛應用於航空航天、國防軍工、核電站、高端裝備制造(千套)等領域，有效保障了我國大飛機、核電站等重大項目的建設和調試，助推了我國工業裝備的現代化，打破了國外壹些重要領域的技術封鎖。
在軌道交通領域，尹學軍作為“車輛輪軌誘發環境振動與噪聲控制關鍵技術及產業化”項目的第二完成人，獲得2011國家科技進步二等獎。為解決地鐵誘發環境振動和噪聲擾民問題，他主持開發了鋼彈簧浮碴隔振、迷宮約束阻尼降噪等壹系列具有自主知識產權的技術，在減振降噪方面取得了顯著成效。該成果已在上海、北京、廣州等20多個城市的地鐵投入使用，產生了巨大的經濟效益和社會效益。
在建築橋梁領域，尹學軍作為“土木結構隔震減振若幹新裝置的研究與應用”項目的第二完成人，獲得2013江蘇省科技壹等獎。成功研制出高性能三維彈性隔振裝置和參數可調的TMD裝置，並成功應用於國家大劇院、上海世博文化中心、上海交響樂團音樂廳、杭州灣大橋觀光塔、崇啟大橋、機場塔臺等數十項重大復雜工程。
尹學軍致力於推動行業的進步，編寫了《隔振設計規範》等5項國家和行業標準，4本專業書籍，主持了1國家國際合作項目和2項國家863子項目，為我國振動控制技術整體水平的提高和普及做出了重要貢獻。