由於遭遇國外技術壁壘阻礙等多種原因，我國農產品出口增長幅度遠低於農產品進口增長幅度，從而影響了農產品對外貿易的均衡發展。
我國農產品進口大幅增加的同時，農產品出口增幅相對較小，兩者增幅相差高達39個百分點。我國農產品出口不能持續快速增長，是受到多方面因素的制約：壹是發達國家為了保護本國農民的經濟利益，實施某些貿易保護主義政策，包括運用技術壁壘、反傾銷、知識產權等多種措施手段。二是我國農產品質量全面提高是壹個大的系統工程，需要壹個較長的過程。從總體上看，目前我國農產品質量與發達國家相比仍存在壹定的差距。三是在我國農產品出口中，相當壹部分是低價值產品（如蔬菜等）和低附加值產品，而畜產品等高價值農產品卻因衛生安全條件原因難以大量出口。四是我國農產品出口尚未完全適應國際市場需求的變化趨勢，如發達國家需要大量有機農產品等。
2.市場及管理因素
壹方面，國家放開了農產品外貿權，企業可以自主經營絕大部分農產品進出口業務；另壹方面，由於行業組織發育、國際市場經驗和信息等方面存在的種種問題，以及在壹定程度上存在市場管理機制缺位，不可避免地造成我國進出口企業在農產品國際貿易中虧損。在進口農產品時，部分企業各自分散進口，不利於形成強有力的談判力量，被對方擡高了成交價格。例如，近年來我國壹些油脂企業沒有利用統壹進口大豆的優勢地位，反而被國外大豆供應商和基金聯手大肆炒高大豆價格；在出口農產品時，部分企業互相壓價惡性競爭，致使我國壹些出口農產品的價格偏低。