1996年，全區面積251平方千米，人口37.1萬人，轄4街道9鄉：人民路街道、西蘭路街道、茂陵街道、吳家堡街道、灃東鄉、灃西鄉、馬泉鄉、渭濱鄉、釣臺鄉、古渡鄉、平陵鄉、雙照鄉、馬莊鄉，區政府駐人民中路東段北側。
1997年，馬莊鄉改為馬莊鎮；灃東鄉改為灃東鎮；釣臺鄉改為釣臺鎮；渭濱鄉改為渭濱鎮；古渡鄉改為古渡鎮；灃西鄉改為灃西鎮；撤銷茂陵街道，其轄區劃歸馬泉鄉管轄，馬泉鄉改為馬泉鎮；雙照鄉改為雙照鎮。調整後，秦都區轄3個街道、8個鎮、1個鄉。
2001年，撤銷古渡鎮設立渭陽西路街道、古渡街道，撤銷平陵鄉並入雙照鎮；撤銷灃西鎮，設立陳陽寨街道，原灃西鎮部分行政村劃歸釣臺鎮。
2002年，全區人口42萬人，其中農業人口18.4萬。人口密度501人/平方千米。轄6個街道、6個鎮：人民路街道、西蘭路街道、吳家堡街道、渭陽西路街道、陳楊寨街道、古渡街道、灃東鎮、釣臺鎮、渭濱鎮、馬泉鎮、雙照鎮、馬莊鎮。***有149個行政村、46個居委會。
2006年，撤銷灃東鎮、釣臺鎮、馬泉鎮的建制，設立灃東、釣臺、馬泉3個街道。2006年底，全區總面積259平方千米，總人口48.89萬人。轄雙照、馬莊、渭濱3個鎮和人民路、西蘭路、陳楊寨、渭陽西路、古渡、吳家堡、灃東、釣臺、馬泉9個街道，146個行政村、48個社區。
全區轄9個街道、3個鎮：人民路街道、西蘭路街道、吳家堡街道、渭陽西路街道、陳楊寨街道、古渡街道、灃東街道、釣臺街道、馬泉街道、渭濱鎮、雙照鎮、馬莊鎮，146個行政村、48個社區。區政府駐人民路街道。其中，渭濱鎮由陜西鹹陽高新技術產業園區管理。
2011年，撤銷渭濱鎮、雙照鎮，設立渭濱街道、雙照街道。調整後，全區轄11個街道、1個鎮：人民路街道、西蘭路街道、吳家堡街道、渭陽西路街道、陳楊寨街道、古渡街道、灃東街道、釣臺街道、馬泉街道、渭濱街道、雙照街道、馬莊鎮。
2013年秦都區轄11個街道辦事處、1個鎮：人民路街道辦事處、西蘭路街道辦事處、吳家堡街道辦事處、渭陽西路街道辦事處、陳楊寨街道辦事處、古渡街道辦事處、灃東街道辦事處、釣臺街道辦事處、馬泉街道辦事處、渭濱街道辦事處、雙照街道辦事處、馬莊鎮。