1996年,全區面積251平方千米,人口37.1萬人,轄4街道9鄉:人民路街道、西蘭路街道、茂陵街道、吳家堡街道、灃東鄉、灃西鄉、馬泉鄉、渭濱鄉、釣臺鄉、古渡鄉、平陵鄉、雙照鄉、馬莊鄉,區政府駐人民中路東段北側。
1997年,馬莊鄉改為馬莊鎮;灃東鄉改為灃東鎮;釣臺鄉改為釣臺鎮;渭濱鄉改為渭濱鎮;古渡鄉改為古渡鎮;灃西鄉改為灃西鎮;撤銷茂陵街道,其轄區劃歸馬泉鄉管轄,馬泉鄉改為馬泉鎮;雙照鄉改為雙照鎮。調整後,秦都區轄3個街道、8個鎮、1個鄉。
2001年,撤銷古渡鎮設立渭陽西路街道、古渡街道,撤銷平陵鄉並入雙照鎮;撤銷灃西鎮,設立陳陽寨街道,原灃西鎮部分行政村劃歸釣臺鎮。
2002年,全區人口42萬人,其中農業人口18.4萬。人口密度501人/平方千米。轄6個街道、6個鎮:人民路街道、西蘭路街道、吳家堡街道、渭陽西路街道、陳楊寨街道、古渡街道、灃東鎮、釣臺鎮、渭濱鎮、馬泉鎮、雙照鎮、馬莊鎮。***有149個行政村、46個居委會。
2006年,撤銷灃東鎮、釣臺鎮、馬泉鎮的建制,設立灃東、釣臺、馬泉3個街道。2006年底,全區總面積259平方千米,總人口48.89萬人。轄雙照、馬莊、渭濱3個鎮和人民路、西蘭路、陳楊寨、渭陽西路、古渡、吳家堡、灃東、釣臺、馬泉9個街道,146個行政村、48個社區。
全區轄9個街道、3個鎮:人民路街道、西蘭路街道、吳家堡街道、渭陽西路街道、陳楊寨街道、古渡街道、灃東街道、釣臺街道、馬泉街道、渭濱鎮、雙照鎮、馬莊鎮,146個行政村、48個社區。區政府駐人民路街道。其中,渭濱鎮由陜西鹹陽高新技術產業園區管理。
2011年,撤銷渭濱鎮、雙照鎮,設立渭濱街道、雙照街道。調整後,全區轄11個街道、1個鎮:人民路街道、西蘭路街道、吳家堡街道、渭陽西路街道、陳楊寨街道、古渡街道、灃東街道、釣臺街道、馬泉街道、渭濱街道、雙照街道、馬莊鎮。
2013年秦都區轄11個街道辦事處、1個鎮:人民路街道辦事處、西蘭路街道辦事處、吳家堡街道辦事處、渭陽西路街道辦事處、陳楊寨街道辦事處、古渡街道辦事處、灃東街道辦事處、釣臺街道辦事處、馬泉街道辦事處、渭濱街道辦事處、雙照街道辦事處、馬莊鎮。