綜合處
綜合處是稽查局的綜合管理部門，設置17個崗位，分別是處長崗位、系統綜合管理崗位、稽查工作報告制度管理崗、秘書崗位、文檔管理崗位、經費會計崗位、經費出納崗位、固定資產管理崗位、後勤保障崗位、車輛安全管理崗位、職工醫療保健及計劃生育崗位、黨務工作崗位、幹部管理崗位、群團工作崗位、教育培訓崗位、紀檢監察崗位、計算機系統管理崗位。
具體職責是：負責黨組會、局長辦公會、局務會等各種會議的組織和記錄工作，編寫會議紀要；負責起草和審核有關綜合性文件和報告，組織開展調查研究和信息交流；負責宣傳、新聞報道工作和重大宣傳活動的組織實施；負責公文處理、文印工作、檔案管理及本局查辦案件的稽查建議的轉辦工作；負責經費管理、財務核算和財產管理工作；負責本局日常行政管理、後勤服務工作及相關制度建設；負責信息化建設和計算機管理工作；負責指導、協調本系統稅務稽查工作，貫徹落實上級機關部署的工作任務和專項檢查工作；負責全市稽查工作相關制度及稽查文書的制定、管理和落實；負責本系統稽查工作成果完成情況的統計、分析和上報工作；負責跨地區稽查工作的協調聯絡和基層稽查局之間稽查案件的協調查處工作；負責五市稽查局案件抽復查的組織工作；按分管指標對五市稽查局實施崗位目標責任制的情況進行考核；按照幹部管理權限負責工作人員考核、選拔、培養、任免、交流、調配、獎懲、辭職辭退、退（離）休等事宜；負責人員、機構、勞動工資等情況的統計編報工作，勞動工資、勞動保險的辦理及晉級、定級和職稱評定及工資、保險、福利待遇管理工作；負責人事檔案的管理工作；負責本局黨組織建設、領導班子建設和幹部隊伍建設規劃；負責政治、業務培訓工作的組織實施和考核，負責幹部學歷教育工作；負責婦女、***青團、精神文明及國稅文化建設工作；負責醫療保健和計劃生育工作；負責本局的紀檢檢查工作，並協助黨組抓好落實。
案源管理處
案源管理處是制定稽查計劃、確定稽查對象、分配稽查任務、監督稽查計劃執行情況的職能部門，***設置8個崗位，分別是處長崗位、案源綜合管理崗位、交辦（轉辦）案件管理崗位、調查選案管理崗位、舉報案件管理崗位、協查委托管理崗位、協查受托管理崗位、協查監控管理崗位。。具體職責是：負責制定本局年度、季度、月度稽查計劃，監控稅務稽查計劃的執行情況；負責對案源情況進行調查分析，確定本局行業性稅收專項檢查的方向和重點；負責舉報案件受理、轉辦和回復工作，辦理本級查處的舉報案件獎勵事項的審核、發放工作，指導全市國稅稽查系統稅收違法案件的群眾舉報工作；負責全市金稅工程發票協查的委托、受托和監控管理工作；負責上級交辦案件、市內各國稅局轉辦案件的受理、回復工作；負責外部移交案件、異地協查案件的受理、回復工作及管理性案件的移交和轉辦工作；負責對選取的被查對象、舉報案件、協查案件等稽查任務的分配工作。負責本處思想政治工作、黨風廉政建設和隊伍管理工作。
檢查壹處、檢查二處、檢查三處
檢查壹處、二處負責對市南、嶗山、市北、四方區內各類內資企業專項、專案、日常稅務案件的檢查、執行工作。檢查三處負責市南、市北、四方、嶗山區內外商投資企業和外國企業專項、專案、日常稅務案件的檢查、執行工作。具體職責是：負責檢查任務的組織和實施；負責發票協查工作；負責對稽查實施過程中達到立案標準的稅務稽查案件的補充立案；負責對查結案件的各類資料形成案卷移交審理處，及舉報案件查結後向案源管理處反饋情況；負責填制《稅務違法案件線索報告單》、《案件撤案（調整）審批表》、《稽查案件數據清理審批表》和《稅務登記核查單》提報案源管理處；負責稅收保全措施、強制執行措施的組織和實施；負責將案件查處過程中，發現的涉嫌偷稅罪、抗稅罪、逃避追繳欠稅罪、騙取出口退稅罪案件，提請公安機關提前介入聯合查辦；負責查補稅款、滯納金、罰款的組織入庫工作；負責轉辦或者上報大要案和典型案例；負責按《稽查工作報告制度》上報相關材料；負責本處思想政治工作、黨風廉政建設和隊伍管理工作。
檢查四處
檢查四處負責全市跨區域案件和市內八區移送公安機關案件的稅務稽查和執行工作。具體職責是：負責全市跨區案件檢查任務的組織和實施；協助公安機關查處涉嫌增值稅專用發票犯罪案件；協助公安機關查處涉嫌偷稅罪、抗稅罪、逃避追繳欠稅罪、騙取出口退稅罪案件；負責發票協查工作;負責對稽查實施過程中達到立案標準的稅務稽查案件補充立案；負責對查結案件的資料形成稽查案卷移交審理處，以及舉報案件查結後向案源管理處反饋情況；負責填制《稅務違法案件線索報告單》、《案件撤案（調整）審批表》、《稽查案件數據清理審批表》、《稅務登記核查單》提報案源管理處；負責稅收保全措施、強制執行措施的組織和實施；負責查補稅款、滯納金、罰款的及時組織入庫；負責按《稽查工作報告制度》上報相關材料；負責本處思想政治工作、黨風廉政建設和隊伍管理工作。
檢查壹、二分局
檢查壹、二分局是市稽查局的派出機構，第壹分局負責李滄區、城陽區各類專項、專案、日常稅務案件的檢查、執行工作。第二分局負責開發區、保稅區各類專項、專案、日常稅務案件的檢查、執行工作；具體職責是：負責檢查任務的組織和實施；負責發票協查工作;負責對稽查實施過程中達到立案標準的稅務稽查案件補充立案；負責對查結案件的各類資料形成稽查案卷移交審理處，及舉報案件查結後向案源管理處反饋情況；負責填《稅務違法案件線索報告單》、《案撤案（調整審批表件》）、《稽查案件數據清理審批表》和《稅務登記核查單》提報案源管理處；負責稅收保全措施、強制執行措施的組織和實施；負責查補稅款、滯納金、罰款的及時組織入庫；負責轉辦或者上報大要案和典型案例；負責按《稽查工作報告制度》上報相關材料；負責本處思想政治工作、黨風廉政建設和隊伍管理工作。
案件審理處
審理處是負責對本局稽查案件審理、定性處理，政策法規的請示答復，稽查成果統計分析的綜合職能部門，具體職能是：負責對本局已查結案件的日常審理工作；負責本局集體審議案件的組織實施；負責對本局達到重大案件審理標準的案件的移交工作；負責向公安機關移送涉嫌稅務違法案件；負責釋義、請示、答復工作；負責對本局審結案件的稽查建議制作工作;負責本局聽證案件的組織聽證和訴訟案件的本局稅收政策法規的研究、應訴工作；負責本局稅務稽查報表、情況反映、稽查成果分析的上報工作；負責本局稅務公告的制作工作；負責本局稅務稽查案卷的管理工作；負責本處思想政治工作、黨風廉政教育和隊伍管理工作。