壹、政策規定
《企業所得稅法實施條例》規定，企業的不征稅收入用於支出所形成的費用或者資產，不得扣除或者計算對應的折舊、攤銷扣除。據此，《國家稅務總局關於企業研究開發費用稅前加計扣除政策有關問題的公告》（國家稅務總局公告2015年第97號）明確，企業取得作為不征稅收入處理的財政性資金用於研發活動所形成的費用或無形資產，不得計算加計扣除。作為征稅收入處理的財政性資金用於研發活動所形成的費用或無形資產，可按規定計算加計扣除。
相關政策——國家稅務總局公告2017年第40號國家稅務總局關於研發費用稅前加計扣除歸集範圍有關問題的公告
例：甲企業2018年發生研發支出500萬元，取得政府補助100萬元，2018年可計算加計扣除的研發費用為400萬元，甲企業2018年收入總額1000萬元，取得政府補助100萬元，成本費用700萬元，其中研發支出500萬元，無其他業務和納稅調整事項。
根據企業所得稅法規定，B企業取得的政府補助100萬元應確認為收入，計入收入總額。根據《企業會計準則第16號——政府補助》，修訂後新增了凈額法，將政府補助作為相關成本費用扣減。若甲企業在企業所得稅年度納稅申報時將政府補助確認為應稅收入，對研發支出不扣減取得的政府補助金額，則當年加計扣除的基數為500萬元，加計扣除額為375萬元。2018年度應納企業所得稅為：（1000+100-700-375）×25%=6.25萬元。若企業在企業所得稅年度納稅申報時將收到的政府補助100萬元作為不征稅收入，則當年加計扣除的基數為400萬元，加計扣除額為300萬元。2018年度應納企業所得稅為：（1000-200-400-300）×25%=25萬元。