1、管理依據不同。參公事業單位的人員盡管在事業編制序列，單卻按照公務員管理辦法進行管理，即實行的是公務員管理制度。壹般事業單位實行的是事業單位人事管理制度。
2、招錄方式不同。參公事業單位的人員招錄必須遵守法律法規的規定。壹般事業單位的招錄必須按照事業單位公開招聘的壹系列規定執行。
3、設立條件不同。參公事業單位應同時具備兩個條件，第壹要有法律、法規授權的公***事務管理職能；第二使用事業編制，並由國家財政負擔工資福利。壹般事業單位的設立條件是滿足由國家機關舉辦或者其他組織利用國有資產舉辦的，從事教育、科技、文化、衛生等活動即可。
4、享有的資源待遇不同。參公事業單位的工作人員壹般近似於等同公務員的福利待遇。同時該參公事業單位比起壹般事業單位，具備更高的權威性和公信力。而壹般事業單位在單位與國家機關之間進行交流是比較困難的，職業發展空間相對較小。
5、概念定位不同。事業單位，是指國家為了社會公益目的，由國家機關舉辦或者其他組織利用國有資產舉辦的，從事教育、科技、文化、衛生等活動的社會服務組織。事業單位接受政府領導，表現形式為組織或機構的法人實體。
法律依據：
《公務員法》
第壹百零六條：法律、法規授權的具有公***事務管理職能的事業單位中除工勤人員以外的工作人員，經批準參照本法進行管理。