1.個人所得稅。壹般情況下，自然人投資者轉讓股份時，應就股份轉讓所得繳納個人所得稅。但要確定應納稅所得額，首先要確定股權轉讓所得、股權原值和合理費用之和。(1)股權轉讓收入的確定。股權轉讓收入，是指轉讓方因股權轉讓而獲得的現金、實物、有價證券及其他形式的經濟利益。轉讓方取得的與股權轉讓有關的各種款項，包括違約金、賠償金等各種名義的貨幣、資產、權益，應當並入股權轉讓收入。(2)股權原值和合理費用的確定。《股權轉讓個人所得稅管理辦法(試行)》中沒有明確規定認購制度下未繳股份原值如何確認，但在第十五條第五款中規定“除上述情形外，主管稅務機關應當按照避免重復征收個人所得稅的原則，合理確認股份原值”。合理費用是指股權轉讓時按照規定支付的相關稅費。2.企業所得稅。對於法人股東而言，企業所得稅的計算繳納采用“按月或按季預繳，按年匯算清繳”的方法，股權轉讓所得為投資收益的壹部分。至於企業最終是否應該實際繳納企業所得稅，要看企業當年的整體損益，還要考慮以前年度的可抵扣虧損。因此，即使股權轉讓有收益，也不壹定意味著企業需要繳納企業所得稅。3.印花稅。關於資本不足股權轉讓印花稅，應以股權轉讓協議約定的股權轉讓價格作為印花稅的計稅依據。《股權轉讓個人所得稅管理辦法(試行)》第十四條規定，需要核定股權轉讓收入的，主管稅務機關應當按照凈資產核定法、類比法以及其他合理方法依次核定股權轉讓收入。
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