(二)加強登記後的後續管理，確保生產經營的真實性。“三證合壹”後，稅務機關沒有接受登記環節的審查，所以登記後要核對其生產經營地址和實際經營情況，特別是稅收優惠備案後，防止騙取稅收優惠的情況發生；同時，對長期未申報的，要及時核實為異常戶，及時註銷，加強減免稅管理，重點是對減免稅資格的審查和對社內成員的認定，以及對社內成員銷售自產農產品與社外購買農產品的界限劃分。農民專業合作社通過提供虛假登記材料或者采取其他欺詐手段取得登記資格，無法準確核算，應稅收入和免稅收入未分別核算或者核算不清的，不得享受稅收優惠。
(3)加強發票管理和審核。根據納稅人的生產經營規模、產品品種、年產量、管理水平等實際情況確定。，合理確定納稅人的發票領購類型、領購版本和領購數量；加強對納稅人發票開具的檢查和管理，嚴格執行驗舊購新制度和票單比對制度，監督納稅人按規定開具和繳銷發票。由於農民專業合作社開具的免稅農產品普通發票，取得發票的壹般納稅人可以按照11%的抵扣率計算抵扣增值稅進項稅額。因此，要加強發票開具的審核，防止利用免稅優惠政策非法開具發票或虛開發票，造成稅收的進壹步流失。加強萬元以上發票的管理，可以通過對購銷合同、貨物運輸、銀行資金等方面的審查，確保發票的真實性和合法性。
(四)加強征管質量，實行分類管理。搞清楚稅源，涉農企業發展很快，註冊類型、規模、行業、社會信譽水平、稅收優惠水平都不壹樣。及時了解稅源結構，掌握涉稅企業動態信息、行業運行規律和產業鏈交易特點，分別實行壹般企業和大型企業管理模式，開展行業季度稅源分析。加強與工商、財政、鄉鎮等相關部門溝通，全面掌握納稅人真實信息，統壹政策口徑，綜合評估農業企業種植面積(數量)、品種規格、生產能力，核定其年產能力，嚴格執行稅收政策。
(5)加強和規範財務核算。采取培訓等方式鼓勵合作社建立和完善賬戶。對規模較大的合作社，必須要求專業會計人員按照會計制度要求進行核算，加強政策宣傳和稅收引導，按規定享受國家稅收優惠，依法使用發票，提高農民專業合作社納稅遵從度。
(六)加強部門合作，形成工作合力。各部門要加強協調配合，農林水利部門要加強行業指導，鄉鎮部門要加強屬地管理，發展改革部門要加強項目審核指導，財政部門要及時撥付項目資金，國稅部門要改善納稅服務，落實涉農稅收優惠政策。同時，加強部門信息共享，減輕農民專業合作社負擔，促進農民專業合作社健康發展。