根據《企業會計準則第20號――企業合並》（2006）第二條規定，企業合並按照壹定的標準劃分為兩大基本類型，即同壹控制下的企業合並與非同壹控制下的企業合並。在此基礎上企業合並的方式又分為控股合並、吸收合並和新設合並三種。控股合並，是指合並方（或購買方）在企業合並中取得對被合並方（或被購買方）的控制權，被合並方（或被購買方）在合並後仍保持其獨立的法人資格並繼續經營;吸收合並，是指合並方（或購買方）通過企業合並取得被合並方（或被購買方）的全部凈資產，合並後註銷被合並方（或被購買方）的法人資格，被合並方（或被購買方）原持有的資產、負債，在合並後成為合並方（或購買方）的資產、負債；新設合並，是指參與合並的各方在合並後法人資格均被註銷，重新註冊成立壹家新的企業。
（壹）同壹控制下企業合並的會計處理方法
《企業會計準則第20號――企業合並》（2006）第五條規定，參與合並的企業在合並前後均受同壹方或相同的多方最終控制且該控制並非暫時性的，為同壹控制下的企業合並。在會計處理上同壹控制下企業合並因為是集團內部的合並，可以理解為內部交易，所以強調的是賬面價值的概念，不必按公允價值進行調整。
例壹，甲、乙公司為同屬於A集團的兩個子公司，2010年1月1日，甲公司控股合並乙公司，以壹房產向乙公司投資，該固定資產的賬面原價為5200萬元，已提累計折舊200萬元，公允價值為6000萬元，占乙公司65%的股權。投資時乙公司所有者權益的賬面價值為1億元。
甲公司的會計處理：
借：固定資產清理 5000萬元
借：累計折舊 200萬元
貸：固定資產 5200萬元
借：長期股權投資——乙公司 6500萬元（10000×65%）
貸：固定資產清理 5000萬元
貸：資本公積 1500萬元
乙公司的會計處理：
借：固定資產 5000萬元
貸：實收資本 5000萬元
（二）非同壹控制下企業合並的會計處理方法
《企業會計準則第20號――企業合並》（2006）第十條規定，參與合並的各方在合並前後不受同壹方或相同的多方最終控制的，為非同壹控制下的企業合並。在會計處理上遵循的是以公允價值入賬的概念。
例二，續上例，假設甲、乙公司既不被同壹家集團控制，相互間又沒有任何關聯關系，則上述業務的會計處理為：
甲公司會計處理：
借：固定資產清理 5800萬元
借：累計折舊 200萬元
貸：固定資產 6000萬元
借：長期股權投資——乙公司 6500萬元（10000×65%）
貸：固定資產清理 5800萬元
貸：營業外收入 700萬元
乙公司會計處理：
借：固定資產 6000萬元
貸：實收資本 6000萬元
二、企業合並業務所得稅處理方法
企業合並的稅務處理區分不同條件也分為兩種處理方法，即壹般性稅務處理和特殊性稅務處理，也就是我們俗稱的應稅合並與免稅合並。應稅合並，是指企業在交易發生時確認有關資產的轉讓所得或者損失，相關資產應當按照交易價格重新確定計稅基礎的合並；免稅合並，是指符合壹定條件要求的企業，在交易發生時，暫不確認有關資產的轉讓所得或者損失，相關資產仍然按照原計稅基礎進行稅務處理的合並。
（壹）壹般性稅務處理
財稅[2009]59號文件第四條第四項規定，企業重組，除符合本通知規定適用特殊性稅務處理規定的外，按以下規定進行稅務處理：（1）合並企業應按公允價值確定接受被合並企業各項資產和負債的計稅基礎。（2）被合並企業及其股東都應按清算進行所得稅處理。（3）被合並企業的虧損不得在合並企業結轉彌補。
例三，乙公司合並甲公司，甲公司被合並時賬面凈資產為5000萬元，評估公允價值為6000萬元。此合並中，乙公司接受甲公司的凈資產按公允價值6000萬元作為計稅基礎。甲公司資產評估增值1000萬元需要按規定繳納企業所得稅，稅後按清算分配處理。
（二）特殊性稅務處理，
財稅[2009]59號文件第五條規定，企業重組同時符合下列條件的，適用特殊性稅務處理規定：（1）具有合理的商業目的，且不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的。（2）被收購、合並或分立部分的資產或股權比例符合本通知規定的比例。（3）企業重組後的連續12個月內不改變重組資產原來的實質性經營活動。（4）重組交易對價中涉及股權支付金額符合本通知規定比例。（5）企業重組中取得股權支付的原主要股東，在重組後連續12個月內，不得轉讓所取得的股權。該文件同時規定，符合通知第五條規定條件的企業合並，企業股東在該企業合並發生時取得的股權支付金額不低於其交易支付總額的85%，以及同壹控制下且不需要支付對價的企業合並，可以選擇對交易中股權支付暫不確認有關資產的轉讓所得或損失。
例四，乙公司合並甲公司，甲公司被合並時賬面凈資產為5000萬元，評估公允價值為6000萬元。甲企業股東收到合並後企業股權6500萬元，假如不考慮其他非股權支付，則股權支付額占交易支付總額比例為108%（6500÷6000×100%），超過85%，雙方可以選擇特殊性稅務處理，即資產增值部分1000萬元不繳納企業所得稅。同時，甲乙雙方的股份置換也不確認轉讓所得或損失。
（三）在特殊性稅務處理中，非股權支付額要納稅
財稅[2009]59號文件第六條第六項規定，重組交易各方按規定對交易中股權支付暫不確認有關資產的轉讓所得或損失的，其非股權支付仍應在交易當期確認相應的資產轉讓所得或損失，並調整相應資產的計稅基礎。非股權支付對應的資產轉讓所得或損失＝（被轉讓資產的公允價值－被轉讓資產的計稅基礎）×（非股權支付金額÷被轉讓資產的公允價值）。
例五，續例四，甲企業股東取得新合並企業股權6500萬元，假如甲公司還取得新合並企業非股權500萬元。再假如甲企業股東原投入甲企業的股權投資成本為4000萬元，則增值3000萬元（6500+500-4000）。股東取得的非股權收入500萬元對應的轉讓所得為：500÷6000×3000=250（萬元）。股東取得新股的計稅成本不是6500萬元，而是3750萬元（4000-500+250）。這就是財稅[2009]59號文件第六條第四項規定的“被合並企業股東取得合並企業股權的計稅基礎，以其原持有的被合並企業股權的計稅基礎確定”。
特殊合並的企業，由於被合並企業資產增值和損失稅收上沒有確認，所以，接收資產時也是按原企業資產賬面價值作為計稅基礎。財稅[2009]59號文件第六條第四項規定，企業合並，企業股東在該企業合並發生時取得的股權支付金額不低於其交易支付總額的85%，以及同壹控制下且不需要支付對價的企業合並，可以選擇按以下規定處理：（1）合並企業接受被合並企業資產和負債的計稅基礎，以被合並企業的原有計稅基礎確定。（2）被合並企業合並前的相關所得稅事項由合並企業承繼。如上例，乙公司合並甲公司，盡管甲公司凈資產的公允價值為6000萬元，但其賬面價值為5000萬元，合並後的企業只能以5000萬元作為接受資產的計稅基礎。
三、企業合並業務會計與所得稅處理差異
（壹）壹般性稅務處理差異
1、同壹控制下企業合並
在同壹控制下,對於壹般性稅務處理方法所對應的企業合並，企業會計上以被合並企業凈資產的賬面價值入帳；稅收上以公允價值計算或清算。
以吸收合並為例，對於合並方來說，主要是壹種支付行為，所以合並日壹般不涉及稅收問題（非貨幣性資產支付壹般需要視同銷售）；對於被合並方來說，企業被合並註銷後，企業資產被兼並轉移，被合並企業及其股東都應按清算進行所得稅處理。
例六，乙公司吸收合並甲公司，甲公司被合並時賬面凈資產為5000萬元，評估公允價值為6000萬元。假如甲公司股東收到合並後新企業股權5000萬元；其他非股權支付1500萬元。此合並中，由於甲公司股東在該企業合並發生時取得的股權支付金額占總支付金額的83%（5000÷6000）。低於其交易支付總額的85%，因此稅法上應按壹般性稅務處理方法處理，即乙公司會計上接受甲公司的凈資產按賬面價值5000萬元為初始成本，稅收以接受甲企業凈資產的公允價值6000萬元作為計稅基礎。甲企業資產評估增值1000萬元在清算時需要按規定繳納企業所得稅，稅後按清算分配處理。
2、非同壹控制下企業合並
在非同壹控制下,壹般性稅務處理方法所對應的企業合並，企業會計和稅收處理相似，都以公允價值計算。需要註意的是合並方非貨幣性資產支付壹般需要視同銷售，對於被合並方來說，企業被合並註銷後，企業資產被兼並轉移，被合並企業及其股東都應按清算進行所得稅處理。
（二）特殊性稅務處理差異
1、同壹控制下企業合並
在同壹控制下,對於特殊性稅務處理方法所對應的企業合並，會計上以被合並企業凈資產的賬面價值入帳；稅收上以被合並企業的原有計稅基礎確定。如果被合並企業原有的計稅基礎與賬面價值壹致，會計上與稅務上的處理是壹致的，沒有產生差異。
例七，乙公司吸收合並甲公司，甲公司被合並時賬面凈資產為5000萬元，計稅基礎也為5000萬元，評估公允價值為6000萬元。甲公司股東收到合並後企業股權6500萬元（假設不考慮非股權），則股權支付額占交易支付總額比例為108%（6500÷6000），超過85%，雙方可以按特殊性稅務處理。企業接受甲公司的凈資產會計、稅收都按賬面價值5000萬元為初始成本。甲公司股東以其原持有的被合並企業股權的計稅基礎5000萬作為合並後企業股權的計稅基礎，甲、乙公司股東雙方的股份置換不確認轉讓所得或損失。
2、非同壹控制下企業合並
在非同壹控制下,對於特殊性稅務處理方法所對應的企業合並，合並方會計上以被合並企業凈資產的公允價值入帳；稅收上以被合並企業的原有計稅基礎確定。
綜上所述，企業合並業務中，會計上有同壹與非同壹控制企業合並；稅務上有壹般與特殊稅務處理。同壹與非同壹控制企業合並的區別，主要是在於企業合並過程中，涉及非貨幣資產的計價問題，前者按資產的賬面價值入賬；後者按資產的公允價值入賬。壹般與特殊稅務處理的區別，主要是前者是應稅處理，而後者是免稅處理。壹般稅務處理與同壹控制企業合並會計處理的差異，會計上以被合並企業凈資產的賬面價值入帳；稅收上以公允價值計算或清算。壹般稅務處理與非同壹控制企業合並業務處理中，涉及非貨幣資產的計價都以公允價值計算，二者基本無差異。特殊稅務處理與同壹控制企業合並的差異，會計上以被合並企業凈資產的賬面價值入帳；稅收上以被合並企業的原有計稅基礎確定。如果被合並企業原有的計稅基礎與賬面價值壹致，二者的處理是壹致的沒有差異。特殊稅務處理與非同壹企業合並的差異，合並方會計上以被合並企業凈資產的公允價值入帳；稅收上以被合並企業的原有計稅基礎確定。因此，企業合並業務發生時，按會計準則的規定進行會計賬務處理；在申報繳納企業所得稅時，必須按照財稅[ 2009]59號文及稅法的其他有關規定進行稅收處理。