根據國家稅務總局發布的《個人所得稅匯算清繳辦法（試行）》規定，如果在個人所得稅匯算清繳過程中，因申報錯誤或退稅申請等原因，導致納稅人所應領取的手續費被扣除，納稅人有權在次年5月1日至6月30日內，向稅務機關提出返還申請。如果申請符合相關規定，稅務機關將會在30個工作日內將手續費返還到納稅人指定的銀行賬戶。需要註意的是，在辦理返還手續前，納稅人必須先完成相應的匯算清繳，並已經收到國家稅務總局出具的個人所得稅匯算清繳證明書。對於返還手續費的具體標準，根據《財政部、國家稅務總局關於進壹步調整個人所得稅起征點的通知》規定，2018年1月1日起，個人所得稅起征點由每月3500元調整為每月5000元。同時，對於以前繳納的個人所得稅，也將在2019年1月1日起開始按新的起征點標準執行。
手續費扣除的標準是多少？如何計算？根據《個人所得稅匯算清繳辦法（試行）》，申報錯誤或退稅申請導致的手續費扣除標準為10元/次。具體而言，如果納稅人在進行個人所得稅匯算清繳時發生申報錯誤，或者提交了退稅申請，使得本應領取的手續費被扣除，則稅務機關會根據扣除的次數進行計算，最高不超過100元。
如果在進行個人所得稅匯算清繳時，因申報錯誤或退稅申請等原因導致手續費被扣除，納稅人可以在下壹納稅年度的5月1日至6月30日內向稅務機關提出返還申請。返還手續費的標準為10元/次，最高不超過100元。
法律依據：
《中華人民***和國個人所得稅法》第二條 下列各項個人所得，應當繳納個人所得稅：
（壹）工資、薪金所得；
（二）勞務報酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特許權使用費所得；
（五）經營所得；
（六）利息、股息、紅利所得；
（七）財產租賃所得；