負責機關日常行政事務的管理、組織和協調，做好後勤保障工作，處理機關日常文電和對外聯絡；負責新聞報道和指導全系統工作；起草局的重要文稿；組織處理NPC和CPPCC的建議、議案和意見；負責辦公室文件、檔案、信息的管理和外事接待；負責來信來訪、投訴的受理和處理；負責建設工作會議、局系統協調會議和機關定期行政會議的組織協調；負責機關和指導局機關直屬單位的安全、保衛、保密和綜合管理工作；負責局內刊物、施工記錄的協調和修改等相關工作；指導市城建檔案局和投訴中心的工作。
規劃和財務辦公室
組織制定全市建築業發展的中長期和年度規劃:負責編制城市建設維護費等專項資金的使用計劃並監督實施，負責組織和指導行業統計工作；負責本局內部財務工作；指導和監督建系統事業單位國有資產管理，對系統直屬事業單位實行統壹財務管理；統壹辦理本局行政事業性收費和價格申報調整，統壹辦理上級管理費收據，指導和監督系統單位行政事業性收費工作；監督建築業的招商引資、國外貸款、贈款和有限經營權的轉讓；指導市建設系統會計協會的工作。
政策法規司
組織研究全市建築業發展、建設體制改革和城市建設管理中帶有全局性的重大政策問題；指導建築業企事業單位的改革和重組；負責監督相關法律法規的實施；負責規範性文件的合法性審查和法律文件的起草工作；負責組織有關方面對規範性文件的制定征求意見和答復；負責組織建設系統的法制宣傳、教育和培訓；綜合管理建設行政執法和城市監察執法監督工作，負責對以本局名義作出的行政處罰的合法性和適當性進行審查並監督實施，負責依法組織查處重大違法案件，負責對本局所屬執法單位的行政執法活動進行監督管理；負責受理和處理行政復議案件；負責處理本局與外界的法律糾紛。
建設協調管理辦公室
負責協調和組織全市建設項目行政許可的審批工作，會同有關部門制定全市建設項目行政審批許可的招投標程序和制度並負責監督實施，會同有關部門按規定受理行政審批申請，協調項目審批中的重大問題，提供審批服務，監督審批工作；參與建設項目的協調管理；對違反建設項目審批制度規定的單位和個人，會同有關部門予以處理；對在市政建設項目行政審批工作中做出貢獻的單位和個人，應當給予表彰和獎勵；指導市建管服務中心和市建管服務辦公室的工作。
房地產開發和財產管理司
貫徹執行房地產、物業管理服務和房屋使用管理的法律、法規和相關政策；組織制定和實施房地產行業發展規劃和年度計劃；負責房地產企業和從業人員的資質管理；負責房地產行業的統計工作；負責組織實施或協調指導舊城改造和城市綜合開發；落實住房建設相關政策措施，推進住宅產業化和住房制度改革；負責業主委員會的登記管理和物業管理服務企業及從業人員的資質管理；負責房屋使用過程中裝修的審查和管理，包括改變主體和承重結構的裝修；指導市房地產協會和市物業管理協會的工作。
工程建設管理辦公室
貫徹執行國家、省、市建設工程質量安全管理的法律、法規和相關政策；負責施工許可證和竣工驗收記錄的管理；負責監督建設工程監理，實施監理企業和從業人員的資質管理；會同有關部門調查處理工程質量和安全事故；負責現場文明施工的管理；負責建設工程檢驗鑒定管理工作；負責受理和處理建設工程質量安全投訴；指導市建設工程質量安全監督站和市建設工程檢測中心站的工作。
設計科
貫徹執行國家、省、市建設工程市場管理的法律、法規和有關政策；負責建築市場的整頓和規範管理；負責建設項目的施工和招投標管理；指導和管理項目成本；指導建築勞務市場、勞務管理和崗位培訓；負責建安企業、造價咨詢機構、招標代理機構及其從業人員的資質管理；指導市建設工程招標管理辦公室、市建設工程交易中心、市建設工程造價管理站、市建築業協會、市造價管理協會、市建築裝飾協會的工作。
城市管理辦公室
貫徹執行國家、省、市有關城市管理的法律、法規和政策；負責城市夜景工程的管理；綜合協調市政園林、城建監察、環保、公安、交通等部門實施城市管理；負責本市建築外墻裝飾的執法和監督；負責城市用水規劃和節約用水。
村鎮建設處
貫徹執行國家、省、市有關村莊規劃建設管理的法律、法規和相關政策；組織編制村鎮建設發展規劃、小城鎮體系規劃和年度建設計劃；指導縣、區鎮規劃的編制、審批和實施，指導鎮建設用地綜合開發和配套建設，組織村莊建設試點，推進新村建設和舊村改造；指導村鎮建設工程的質量和安全工作；負責培訓村鎮建設幹部，統計和管理村鎮建設；指導受災地區村鎮重建和搬遷。
勘測設計辦公室
在勘察、設計、施工中貫徹執行國家、省、市有關抗震設防管理的法律、法規和政策；參與編制和實施城市總體規劃、詳細規劃、專業規劃和各類開發區規劃；參與國土規劃、區域規劃和城市規劃區範圍內大中型建設項目的決策研究和方案審查；管理全市勘察設計市場，研究制定勘察設計行業發展規劃、相關政策和改革方案；負責工程勘察、工程咨詢、工程設計單位和施工圖審查機構的資質審查和管理；管理城鄉建設、工業和民用建築的抗震設防，協調人防部門檢查督促民用建築修建防空地下室的工作；負責全市大中型工程、重點建設項目、重要紀念建築和高層建築的初步設計審批；負責施工圖的審批和勘察設計質量的監督管理；指導市建築設計院、市勘察設計協會和市施工圖審查機構的工作。
建築材料和設備司
負責全市建築材料和設備使用的監督管理；負責新型建築材料的推廣和使用；負責本市新型墻體材料的鑒定和推廣工作；負責建築節能相關工作；會同有關部門做好《廈門市砂、石、土資源管理條例》的實施和管理工作。指導新型墻體材料協會和建築機械金屬結構協會的工作。
科技司
指導和監督本系統科技法律法規的貫徹實施和相關政策的落實；組織編制和實施行業科技發展規劃；組織和指導建築業重點科研開發、技術改造和建築工程技術引進項目的論證；負責組織建設系統科技成果的評價、鑒定和驗收；管理和指導建築業新技術、新材料、新工藝、新設備、新結構的示範、評價、推廣應用和知識產權管理工作；編制並組織實施建築業技術規範和標準化管理；組織國際建築科技合作項目交流和引進項目的消化吸收創新；指導市建築科學研究院、市建築系統科學技術委員會和市民用建築學會的工作。
政治辦公室
負責局機關系統公務員和幹部職工的選拔、考核、教育、培訓、交流和管理工作；負責局系統黨的建設、精神文明和宣傳教育工作；負責局機關及直屬事業單位的組織、編制、薪酬管理和社會勞動保險規劃；負責局系統老幹部管理工作，組織管理共青團和群眾團體；管理廈門建設培訓中心的工作；辦理局系統出國(境)人員審核，負責人事檔案管理；負責建築業各類管理人員和專業技術人員的崗位資格、職業資格和職業資格管理；負責全市土木工程中級技術職務評審和局機關系統技術職務評審的初審及建築職業技能培訓鑒定工作。
局黨委負責指導和管理局黨務、紀檢、工會、青年團體、婦女和群眾工作。
根據有關文件規定，紀檢組和監察室按照黨章和《行政監察條例》分工協作，各司其職。
總工程師辦公室
研究制定我市城市建設科技的重大指導原則和相關操作規程；參與城市總體規劃、詳細規劃、專項規劃和重大建設項目的論證和研究，為政府科學決策提供技術支持；牽頭協調處理施工管理中涉及多部門、多系統、跨專業的重大技術問題；參與搶險救災，擔任局領導的技術參謀，或受局領導委派，組織指揮現場救援工作；承辦市、局領導交辦的重要科技工作。