廈門市人民檢察院設16個職能處（室）和監察處、機關黨委。
1、辦公室
協助院領導處理檢察政務，組織協調院重要工作部署、重大決策的貫徹實施，組織安排機關重要會議和重大活動；負責文件起草；處理檢察信息，編發內部刊物；處理機要文電；負責人大代表聯絡工作和特約檢察員的聯系工作；負責領導同誌批辦事項的督查工作；負責機關辦公秩序管理和機關日常值班及辦公樓的保衛工作；負責檢察統計、檔案、密碼管理和保密工作；對各區人民檢察院的相關業務進行指導。
2、偵查監督處
負責對全市刑事犯罪案件（包括人民檢察院直接受理偵查的貪汙賄賂、國家工作人員瀆職等犯罪案件）犯罪嫌疑人的審查批捕、決定逮捕和立案監督、偵查活動監督工作的指導；承辦應當由廈門市人民檢察院辦理的審查批捕、決定逮捕案件；承辦本市各區人民檢察院偵查監督部門工作中疑難問題的請示；指導未成年人涉嫌犯罪的審查批捕工作；研究偵查監督業務規範化建設，制定完善有關規定。
3、公訴處
負責對全市刑事犯罪案件（包括人民檢察院直接受理偵查的貪汙賄賂、國家工作人員瀆職等犯罪案件）的審查起訴、出庭公訴、抗訴工作的指導；負責對人民法院刑事審判活動實行監督工作的指導；負責對人民法院刑事審判活動實行監督工作的指導；承辦應當由廈門市人民檢察院審查起訴、抗訴案件，對廈門市人民檢察院抗訴及廈門市中級人民法院法院開庭審理的刑事案件，出庭履行職務；承辦本市各區人民檢察院起訴檢察部門工作中疑難問題的請示；指導未成年人涉嫌犯罪案件的審查起訴、出庭公訴及相關工作；研究加強起訴檢察業務規範化建設，制定完善有關規定。
4、反貪汙賄賂局
負責對全市檢察機關辦理貪汙賄賂、挪用公款、巨額財產來源不明、隱瞞境外存款、私分國有資產、私分罰沒財物等犯罪案件的偵查、預審工作的指導；參與重大貪汙賄賂等犯罪案件的偵查；直接立案偵查全市性重大貪汙賄賂等犯罪案件；組織、協調、指揮本市重特大貪汙賄賂等犯罪案件的偵查以及個案協查工作；研究分析全市貪汙賄賂等犯罪的特點、規律，提出懲治對策；承辦本市各區人民檢察院反貪汙賄賂工作中疑難問題的請示；制定執行上級人民檢察院貪汙賄賂檢察業務工作細則、規定的意見。
反貪汙賄賂局下設辦公室、偵查壹處、偵查二處、涉臺個案協查處（均為副處級）。
5、反瀆職侵權局
負責對全市檢察機關辦理國家工作人員瀆職犯罪和國家機關工作人員利用職權實施的非法拘禁、刑訊逼供、報復陷害、非法搜查的侵犯公民人身權利、民主權利的犯罪等案件的偵查、預審工作的指導；參與重大瀆職侵權犯罪案件的偵查；直接立案偵查全市性重大瀆職侵權犯罪案件；組織、協調、指揮本市的重特大瀆職侵權犯罪案件的偵查以及個案協查工作；研究分析全市瀆職侵權犯罪的特點和規律，提出懲治對策；承辦本市各區人民檢察院瀆職侵權檢察部門在工作中疑難問題的請示；制定執行上級人民檢察院瀆職侵權檢察業務工作細則、規定的意見。
6、監所檢察處
負責全市檢察機關對執行機關執行刑罰的活動，減刑、假釋、保外就醫等變更執行和對監獄、看守所、勞動教養機關的活動是否合法以及對超期羈押監督工作的指導；負責對刑罰執行和監管改造過程中發生的虐待被監管人案、私放在押人員案、失職致使在押人員脫逃案、徇私舞弊、減刑、假釋、暫予監外執行案的偵查工作和其他自偵案件立案前調查工作的指導和督辦；承辦區人民檢察院監所檢察部門在工作中疑難問題的請示；研究執行上級人民檢察院監所檢察業務工作細則、規定的意見。
7、民事行政檢察處
負責對全市民事審判、行政訴訟檢察工作的指導；對全市基層人民法院已經發生法律效力的、確有錯誤的民事、行政判決和裁定，按照審判監督程序，向廈門市中級人民法院提出抗訴；對廈門市中級人民法院、廈門海事法院已經發生法律效力的、確有錯誤的民事、行政判決和裁定，提請福建省人民檢察院抗訴；對廈門市中級人民法院開庭審理的，廈門市人民檢察院抗訴的民事、行政案件，出庭履行職務；對人民法院判決、裁定正確的民事、行政申訴案件，做好申訴人的服判息訴工作；對市、區兩級人民法院民事、行政審判人員枉法裁判案件開展立案前的調查；研究分析全市民事審判、行政訴訟檢察工作中的重大疑難問題，提出工作對策；承辦全市各區人民檢察院民事、行政檢察部門在工作中疑難問題的請示；研究執行上級人民檢察院民事、行政檢察業務工作細則、規定的意見。
8、控告申訴檢察處（掛“廈門市人民檢察院舉報中心”和“廈門市人民檢察院刑事賠償辦公室”牌子）
負責對全市檢察機關控告、舉報、刑事申訴、刑事賠償及其他信訪案件的工作指導；受理、審查、處理承辦控告和舉報及其他來信來訪，接受犯罪嫌疑人的自首；對檢察機關管轄的性質不明、難以歸口的舉報線索進行初查。
受理刑事、民事及行政案件的申訴；依法復查不服檢察機關不批準逮捕、不起訴、撤銷案件及其他處理決定的申訴；依法復查不服人民法院已發生法律效力的刑事判決、裁定的申訴；受理承辦檢察機關負有賠償義務的刑事賠償案件等工作；綜合反映全市控告、舉報、刑事申訴、刑事賠償工作情況。
9、職務犯罪預防處
負責對全市檢察機關職務犯罪預防工作的指導；研究、分析全市職務犯罪預防工作的特點和規律，提出貪汙賄賂、瀆職犯罪的預防對策；負責對職務犯罪預防工作的法制宣傳、教育和咨詢；承辦下級人民檢察院有關職務犯罪預防工作疑難問題的請示；研究執行上級人民檢察院職務犯罪預防工作細則、規定的意見；承辦廈門市預防職務外國籍工作領導小組辦公室日常工作。
10、檢察技術處
負責對全市檢察機關刑事檢察技術工作和勘驗取證、檢驗鑒定、文證審查及計算機網絡建設的指導；管理全市檢察司法鑒定工作，組織重大疑難案件的會檢。編制檢察機關技術工作計劃，執行檢察機關技術建設標準化方案；協同有關部門培訓技術人員；承辦科研立項及經費審批工作；負責技術儀器設備選型、計劃供應工作；負責市人民檢察院機關的辦公自動化建設。
11、法律政策研究室
負責調查研究國家公布的與檢察工作有關的法律、法規、政策的執行情況，向領導和有關業務部門提出意見、建議；負責有關檢察工作地方法規的起草工作；對檢察工作適用法律問題提出立法和司法解釋建議；組織調查研究全市檢察機關貫徹執行黨的刑事政策和適用法律問題，並提出意見；負責檢察工作的法制建設的調查研究、規劃；指導檢察機關執法大檢查；收集管理圖書資料；編輯檢察工作應用法律、法規文件和檢察工作年鑒。負責廈門市人民檢察院專家咨詢委員會日常工作；負責廈門市人民檢察院檢察委員會日常工作。
12、涉臺案件辦公室
協調處理涉臺灣地區案件，開展臺灣地區檢察制度和法律問題研究；聯系臺灣檢察機關，開展檢察工作和相關法律事務交流；承辦最高人民檢察院和省人民檢察院交辦的其他涉臺檢察工作。
13、行政裝備處
負責對全市檢察系統的計劃財務裝備工作的指導；制定發展規則並組織實施；對市計委、財政部門安排區檢察機關的基本建設計劃和資金進行協調和指導；負責對全市檢察系統的物資技術裝備、交通工具、通訊、武器彈藥、服裝的統籌計劃和管理工作的指導；負責市檢察院機關業務、基本建設、外事等經費預算申請、核算和管理及各種裝備物資的統壹購置和分配；負責市檢察機關財務管理、贓款贓物管理、房產管理、基本建設管理、固定資產管理、環境秩序管理、後勤服務的規劃、協調工作以及直接查辦大要案後勤保障工作；負責機關行政管理、綠化、交通安全和本區域內綜合治理、保衛等工作。
14、幹部處
協同地方黨委負責本市各區人民檢察院領導班子考核、配備及後備幹部的考察工作，辦理有關任免手續；協助有關主管部門做好全市檢察系統機構編制工作以及檢察機關工作人員的錄用等工作；負責全市檢察系統檢察官等級評定、調整及管理工作；指導全市檢察系統開展幹部人事制度改革及幹部管理工作，依據黨的幹部工作的方針政策和有關規定制定檢察機關有關幹部管理規定，並組織實施；負責市檢察機關機構設置、人員編制、考試錄用和幹部任免、調配、檢察官等級評定、年度考核、工資福利及幹部人事檔案等管理工作；負責全市檢察機關工作證的發放工作。
15、宣傳處
負責對全市檢察機關宣傳工作的指導；負責廈門市人民檢察院的宣傳工作，組織新聞報道、影視宣傳等有關宣傳工作。
負責對全市檢察機關隊伍建設的指導；負責制定全市檢察系統思想政治工作規劃和實施方案；開展具有檢察特點的思想政治工作，總結推廣全市檢察機關思想政治工作先進經驗；會同有關部門做好市檢察機關的思想政治工作和理論學習教育；負責全市檢察機關開展爭先創優、評功表彰工作；協同有關部門抓好基層檢察院建設。
16、幹部教育培訓處
負責制定全市檢察幹部教育培訓規則和年度工作實施計劃；組織和開展學歷教育和各類崗位職務培訓工作；負責對全市檢察機關幹部教育培訓工作；負責全市檢察系統幹部素質考試工作；規劃市檢察機關的教材編寫和師資隊伍建設，指導基層檢察院幹部培訓工作。
鑒於檢察院工作的特殊性，根據《中***中央關於進壹步加強政法幹部隊伍建設的決定》（中發[1999]6號）和《中***中央關於加強和改進思想政治工作的若幹意見》（中發[1999]17號）精神，為加強檢察政式部門建設，設置廈門市人民檢察院政治部。幹部處、宣傳處、幹部教育培訓處由政治部統壹管理。
17、監察處
廈門市人民檢察院內設監察處與市紀委駐廈門市人民檢察院紀檢組合署辦公，按照《黨章》和《行政監察法》履行職責。
18、機關黨委
負責本院機關黨組織的思想、組織、作風建設，領導本院工、青、婦等群團組織。