學院現設有海關管理系、海關經濟系、海關法律系、海關外語系、公共基礎教育系等五個教學部(系)。設置管理、經濟、法律、文學等6個本科專業和4個專科專業。其中，法學和稅務分別是教育部第二批和第三批高校特色專業建設點。目前全日制在校生1，743人。學院的主要任務是立足海關，培養符合海關事業發展要求的復合型、應用型人才；面向社會，培養符合經濟社會發展要求的經貿、物流、報關等專業人才；積極開展海關理論研究和國際交流。同時，學院承擔海關系統中高級幹部的繼續教育、知識更新和業務培訓任務；根據世界海關組織(WCO)的分工和亞太地區國家和地區的要求，將逐步承擔本地區海關人員的培訓任務，並履行相應的國際義務。
學院有專任教師137人，其中教授19人，副教授36人。高級專業技術職務教師比例為40%，碩士及以上學歷教師比例為68%。師資隊伍結構合理，教學科研水平高。學院設立海關管理研究所和海關國際問題研究中心，緊密結合海關改革發展和雙邊、多邊、區域海關國際合作面臨的熱點、難點問題開展科學研究，出版《上海海關學院學報》。
高校綜合素質教育和準軍事化管理貫穿人才培養的全過程，實行綜合評價制度，重視學生的全面發展。近年來，學院以教學、科研、培訓為中心，始終把提高人才培養質量作為根本任務，在加強學科專業建設、提高教學質量、實施以德育為核心的全面素質教育、培養學生實踐能力和創新精神等方面不斷深化改革，努力培養海關等國家機關和社會需要的高素質專業人才。
學院位於上海浦東新區，占地面積521畝。按照教育部規定的標準，學院擁有現代化的教學樓、圖書館和先進的ATM校園網，教室配備了多媒體教學條件。還設有數字閱覽室、視聽室、娛樂綜合大樓、網球場、遊泳池、健身房等配套設施，為學生創造良好的學習生活環境。