進出口稅收管理處負責本市進出口貿易稅收政策及管理辦法的貫徹落實和日常監督檢查工作;負責指導出口貨物退免稅認定、申報、審核、審批和退稅資料等工作;負責出口貨物退免稅信息化管理系統的推廣應用和業務管理;參與編制年度出口貨物退(免)稅計劃;負責退稅指標管理;負責出口退稅評估指標體系建立、預警指標制定及監控管理;指導有關進出口稅收工作的日常管理、日常檢查;負責出口貨物退免稅數據的統計、分析;負責政策調研，研究提出改進和完善相關稅收制度、政策的建議;負責相關稅收政策執行中壹般性問題的解釋、處理;配合有關處室做好反補貼調查工作。
辦公室負責處理、協調、督辦機關日常政務;負責擬訂本系統年度工作計劃、制定有關工作制度;負責起草和審核市局有關文件和報告、領導講話稿等文秘事務;負責機關文電、機要、檔案、督辦、信訪、保密、密碼、辦公自動化應用與管理等工作;負責重大會議的方案擬訂、組織，日常會務安排，對外接待聯絡和機關後勤保障的協調工作;承擔面向社會的稅收宣傳、法制宣傳、新聞發布及機關政務公開、政府信息公開工作;負責"上海財稅"網站及子網站運行和維護工作;負責公務網網站的運行和管理;管理機關和系統的外事工作;負責本機關和系統安全保衛工作;負責本局人大代表議案、建議和政協提案答復的組織協調和催辦督辦工作;負責起草和審核本機關《地方誌》和《年鑒》工作;管理其他行政事務。