區別：查賬征收也稱查賬計征或自報查賬。納稅人在規定的納稅期限內根據自己的財務報表或經營情況，向稅務機關申請其營業額和所得額，經稅務機關審核後，先開繳款書，由納稅人限期向當地代理金庫的銀行繳納稅款。這種征收方式適用於賬簿、憑證、財務核算制度比較健全，能夠據以如實核算，反映生產經營成果，正確計算應納稅款的納稅人。核定征收稅款是指由於納稅人的會計賬簿不健全，資料殘缺難以查賬，或者其他原因難以準確確定納稅人應納稅額時，由稅務機關采用合理的方法依法核定納稅人應納稅款的壹種征收方式，簡稱核定征收。《中華人民***和國稅收征收管理法》第三十五條納稅人有下列情形之壹的，稅務機關有權核定其應納稅額：（壹）依照法律、行政法規的規定可以不設置賬簿的；（二）依照法律、行政法規的規定應當設置但未設置賬簿的；（三）擅自銷毀賬簿或者拒不提供納稅資料的；（四）雖設置賬簿，但賬目混亂或者成本資料、收入憑證、費用憑證殘缺不全，難以查賬的；（五）發生納稅義務，未按照規定的期限辦理納稅申報，經稅務機關責令限期申報，逾期仍不申報的；（六）納稅人申報的計稅依據明顯偏低，又無正當理由的。
法律客觀：《中華人民***和國稅收征收管理法》第三十五條納稅人有下列情形之壹的，稅務機關有權核定其應納稅額：（壹）依照法律、行政法規的規定可以不設置帳簿的；（二）依照法律、行政法規的規定應當設置帳簿但未設置的；（三）擅自銷毀帳簿或者拒不提供納稅資料的；（四）雖設置帳簿，但帳目混亂或者成本資料、收入憑證、費用憑證殘缺不全，難以查帳的；（五）發生納稅義務，未按照規定的期限辦理納稅申報，經稅務機關責令限期申報，逾期仍不申報的；（六）納稅人申報的計稅依據明顯偏低，又無正當理由的。稅務機關核定應納稅額的具體程序和方法由國務院稅務主管部門規定。