1990年，國務院批準設立第壹個保稅區。在中國，已經建立了16個保稅區，包括上海外高橋、天津港、深圳福田、沙頭角、鹽田港、大連、廣州、張家港、海口、廈門象嶼、福州、寧波、青島、汕頭、珠海和合肥。主管部門是海關總署，保稅區最初的功能定位是
十幾年來，全國15保稅區的保稅倉儲、轉口貿易、商品展示等功能都有不同程度的發展，具備了壹定規模的國際物流基礎。中國在2001加入世貿組織時，承諾在三年內逐步放開工業品貿易權，分階段取消各類商品的市場配額和其他數量限制。
這些承諾很可能使原本投資保稅區貿易公司的外商根據整體投資環境重新選擇投資區域，導致保稅區貿易公司數量減少。
發展因素
從區域性質上看，保稅區是海關監管的特殊區域，不具有自由貿易區和自由港所具有的海關域外管轄權，但享有海關域外管轄權是自由貿易區和自由港最基本的特征。
海關監管，海關並不是真正按照“壹線放開，二線管理”來管理保稅區，而是把保稅區當成壹個大的保稅倉庫，通過管理保稅倉庫來管理保稅區；海關不對保稅區進行區域管理，而是直接管理區內的每壹家企業。
貿易管理:中國對保稅區有很多貿易限制。商務部將保稅區企業視為境外企業，保稅區貿易企業沒有進出口權，無法開展國際貿易。中華人民共和國國家稅務總局還規定，通過保稅區出口的國內貨物必須實際離境才能給予退稅。從中國到保稅區的貨物視為出口，但不給予退稅。