（壹） 稅收行政執法不規範以及稅收政策多變性導致的風險由於中國目前稅務行政執法主體多元，主要包括海關、財政、國稅、地稅等多個政府部門，各部門之間在稅務行政執法上常常重疊； 另外，法律、法規、規章中賦予行政機關過多的自由裁量權，納稅人即使具有較為充分的理由，稅務機關也可以利用“稅法解釋權歸稅務機關”輕易加以否定，從而使納稅人的稅務風險大大增加。由於中國正處於經濟變革時期，為了適應經濟發展的需要，稅務法規變化過快，朝令夕改，稅收政策的變化比較頻繁、不夠穩定，加之信息傳輸渠道不暢通，難以讓納稅人及時準確掌握。如果企業不及時跟進調整自己的涉稅業務，就會使自己的納稅行為由合法轉變為不合法，給企業帶來稅務風險。
（二） 企業辦稅人員自身的專業素質導致的風險企業在日常的經營活動中，由於辦稅人員自身業務素質的限制，對於稅法的全面認識與運用及對有關稅收法規的精神把握不準，雖然主觀上沒有偷稅的願望，但在納稅行為上沒有按照有關稅收規定去操作，或者在表面上、局部上符合規定，而在實質上、整體上沒有按照有關稅收規定去操作造成事實上的偷稅、逃稅，給企業帶來稅務風險。
（三） 現行按收入計劃任務征稅的稅收管理體制不適應市場經濟的要求社會主義市場經濟要求稅務機關依法征稅，但按收入計劃任務征稅的稅收管理體制卻與此相矛盾。由於受財政支出剛性增長的制約，中國稅收收入計劃任務的制定缺乏靈活性，可調整余地較小，不能隨經濟情況的變化而進行大幅度調整，稅收收入計劃任務只能升不能降。在目前的政治體制下，上級又往往把稅收收入任務的完成情況作為衡量、考核地方和基層政績、實施獎懲的主要依據之壹。在這種情況下，有的地方為了爭當先進，體現政績，而相互攀比，盲目趕超，深挖狠收，甚至“上有政策，下有對策”，弄虛作假，摻水拔高，搞“泡沫稅收”，由此動搖了稅收的根基，給稅收帶來不可估量的風險。
（四） 企業運用稅收優惠政策導致的風險由於每項稅收優惠政策都是國家根據壹定時期政治、經濟和社會發展的總目標，通過稅收制度和政策，對某些特定的課稅對象、納稅人或地區給予的稅收照顧，只有具備壹定的條件和資格，在壹定的時效內，按照壹定的程序申報和批準，才能享受。如果有壹項不符合規定而享受了有關稅收優惠。