企業在生產經營過程中既可能發生盈利，也可能出現虧損。會計上的“虧損”與稅法中的“虧損”是兩個不同的概念，其會計處理與稅務處理均不同。現將彌補虧損的計算方法及會計核算方法詳細說明如下：
壹、彌補虧損的會計處理
企業按照會計制度和會計準則的規定進行會計核算，如果當年賬面利潤為負數，即為會計上講的“虧損”。與實現利潤的情況相同，企業應將本年發生的虧損自“本年利潤”科目，轉入“利潤分配——未分配利潤”科目，借記“利潤分配——未分配利潤”科目，貸記“本年利潤”科目，結轉後“利潤分配”科目的借方余額，即為未彌補虧損的數額。然後通過“利潤分配”科目核算有關虧損的彌補情況。
企業發生的虧損可以用次年實現的稅前利潤彌補。在用次年實現的稅前利潤彌補以前年度虧損的情況下，企業當年實現的利潤自“本年利潤”科目，轉入“利潤分配——未分配利潤”科目，將本年實現的利潤結轉到“利潤分配——未分配利潤”科目的貸方，其貸方發生額與“利潤分配——未分配利潤”的借方余額自然抵補。因此，以當年實現凈利潤彌補以前年度結轉的未彌補虧損時，不需要進行專門的賬務處理。
由於未彌補虧損形成的時間長短不同等原因，以前年度未彌補虧損，有的可以以當年實現的稅前利潤彌補，有的則須用稅後利潤彌補。無論是以稅前利潤還是稅後利潤彌補虧損，其會計處理方法相同，無需專門作會計分錄。但如果用盈余公積彌補虧損，則需作賬務處理，借記“盈余公積”科目，貸記“未分配利潤-盈余公積補虧”科目。
二、稅務處理
《企業所得稅暫行條例》第十壹條規定：“納稅人發生年度虧損的，可以用下壹納稅年度的所得彌補；下壹納稅年度的所得不足彌補的，可以逐年延續彌補。但是延續彌補期最長不得超過五年。”根據國稅發[1997]189號文件規定，“稅法所指虧損的概念，不是企業財務報表中所反映的虧損額，而是企業財務報表中的虧損額經主管稅務機關按稅法規定調整後的金額。”這裏的“五年”，是指稅收上計算彌補虧損的期限，只對計算應納稅所得額產生影響，而在彌補虧損的會計核算中，並不受“五年”期限的限制。會計上，無論是盈利還是虧損，期末壹律將“本年利潤”科目的余額，結轉“利潤分配-未分配利潤”科目。這裏的“本年利潤”余額是指扣除所得稅費用後的凈利潤。
在實際操作中，應註意下列問題：
1.彌補期限的計算問題。五年內不論是盈利或虧損，都作為實際彌補年限計算。先虧先補，按順序連續計算彌補期。如某企業2000年虧損80萬元，其彌補期限是2001年～2005年。假定該企業這五年間每年分別盈利10萬元，可全部用於彌補2000年虧損額，合計補虧金額50萬元，截至2005年底尚未彌補的30萬元虧損，不能用2005年以後的稅前利潤彌補。另外，2001年～2005年間如不都是盈利，也應計算連續計算彌補時間。假如該企業2001年～2004年連續四年虧損（2001年虧損彌補期限為2002年～2006年，2002年虧損彌補期限為2003年～2007年，依此類推），2005年盈利50萬元，因2000年虧損彌補期限截至2005年已滿5年，就只能以2005年的50萬元利潤彌補2000年虧損，剩余的30萬元虧損，從2006年起不得用稅前利潤彌補。
2.稅務機關對納稅人檢查增加的所得額，不得用於彌補以前年度虧損。
3.免稅所得彌補虧損的方法。國稅發[1999]34號文件規定，按照稅收法規的規定，企業的某些項目免征所得稅。如果壹個企業既有應稅項目，又有免稅項目，其應稅項目發生虧損時，按照稅收法規規定可以結轉以後年度彌補的虧損，應該是沖抵免稅項目所得後的余額。此外，雖然應稅項目有所得，但不足彌補以前年度虧損的，免稅項目的所得也應用於彌補以前年度虧損。
4.對外投資分回利潤彌補虧損的方法。國稅發[1994]250號文件規定，納稅人在國內投資、聯營取得利潤，如果投資方企業發生虧損，其分回的利潤可先彌補虧損，彌補虧損後仍有余額的，再按照規定補繳所得稅。為了簡化計算，企業發生虧損，對其從被投資方分回的投資收益（包括股息、紅利、聯營分利等）允許不再還原為稅前利潤，而直接用於彌補虧損，剩余部分再按規定計算補稅。如果企業既有按規定需要補稅的投資收益，也有不需要補稅的投資收益，可先用需要補稅的投資收益直接彌補虧損，彌補後還有虧損的，再用不需要補稅的投資收益彌補虧損，彌補後有盈余的，不再補稅。
5.匯總、合並納稅成員企業（單位）虧損彌補的方法。《企業所得稅稅前彌補虧損審核管理辦法》（國稅發[1997]189號）規定，經國家稅務總局批準實行由行業和集團公司匯總、合並繳納企業所得稅的成員企業（單位）當年發生的虧損，在匯總、合並納稅時已沖抵了其他成員企業（單位）的所得額或並入了母公司的虧損額，因此，發生虧損的成員企業（單位）不得用本企業（單位）以後年度實現的所得彌補。
成員企業（單位）在匯總、合並納稅年度以前發生的虧損，可仍按稅收法規的規定，用本企業（單位）以後年度的所得予以彌補，不得並入母（總）公司的虧損額，也不得沖抵其他成員企業（單位）的所得額。
6.彌補虧損後有所得的適用稅率確定方法。國稅發[1994]132號文件規定，企業上壹年度發生虧損，可用當年所得予以彌補，按彌補虧損後的所得額來確定適用稅率。
彌補虧損是壹項重要的稅收政策，稅務機關和納稅人均應當建立彌補虧損臺賬，為今後準確核定或申報彌補虧損奠定基礎。