網上申報與網上報稅聯動流程如下:納稅人防偽稅控IC卡抄稅-防偽稅控遠程報稅，待比對-增值稅網上申報抵扣-防偽稅控遠程抄收確認清卡。請正確遵循這壹流程。
第壹部分:防偽稅控IC卡復制稅。
這部分和每月報稅期間的抄稅是壹樣的。抄完稅後，可以看到“狀態查詢”中的“稅務信息”變成了“是”。
第二部分:防偽稅控遠程報稅，待比對。
選擇“遠程抄稅”模塊，點擊“報稅狀態”按鈕，會看到“遠程抄稅可以”的提示。點擊“遠程報稅”按鈕，防偽稅控開票系統開始向稅務局傳輸報稅數據。
數據提交成功後，企業可以通過以下方式檢查報稅數據是否傳輸成功:
點擊“報稅結果”。如果處理狀態為“已處理”，錯誤號為“271D”，則上傳成功。此時防偽稅控開票系統需要等待電子申報數據上傳。
第三部分:增值稅網上申報與抵扣。
企業以“憑證登錄”方式登錄網上納稅申報系統後，系統會自動下載當前征期的報表，點擊軟件左側的“報表”選項卡，系統會自動顯示已核定稅種的申報表。
申報數據上傳成功後，在左側報表菜單欄中選擇上傳的稅種，點擊上方工具欄中的“受理結果”選項。如果沒有稅則，會提示“申報成功”字樣。如果有稅，簽署三方協議的納稅人會提示是否扣稅。如果扣稅成功，會提示“扣稅成功”字樣。如提示“扣除失敗”字樣，請在領取期間攜帶申報資料到主管稅務征收機關辦理。未簽署三方協議的納稅人將被提示打印“銀行普通繳款憑證”，並要求納稅人攜帶“銀行普通繳款憑證”到開戶銀行繳稅。
溫馨提示:當申報狀態為“申報成功”(無稅)或“抵扣成功”(含稅)時，在標準A4紙上打印申報單，會在報表左下角生成壹個由數字和字母組成的32位安全碼。防偽碼將作為成功申報的證明。
其他操作，如創建報表、填寫報表、打印報表、查詢繳款回單、稅務銀行銀聯網絡扣款、數據備份還原等，在登錄網上報稅系統，點擊“幫助”菜單中的“系統幫助”後，在彈出窗口中的“第五章軟件功能說明”中有詳細描述。
第四部分:防偽稅控遠程抄報和清卡確認。
選擇“遠程抄稅”模塊，點擊“報稅狀態”按鈕，看到“遠程抄稅可以”的提示後，點擊“確定”。
點擊“報稅結果”。如果報稅結果為“報稅成功”，錯誤號為“0000”，則表示防偽稅控開票數據與電子申報比對成功，可以清卡。
點擊“清卡操作”按鈕，提示清卡操作成功後，“狀態查詢”中的“稅務信息”項應改為“無”。
註意:每次進入“遠程抄稅”模塊，必須先操作“稅務狀態”，才能操作以下功能。
請務必在報告期內進行防偽、稅控、清卡工作。
壹般納稅人如下:壹般納稅人須於每月1日復印防偽稅控開票機稅款，在稅務機關規定的報稅時間前到辦稅服務廳綜合辦稅窗口1-10、企業辦稅窗口1-12或13-65432辦理。納稅申報時，納稅人需攜帶稅控IC卡、增值稅防偽稅控開票系統打印的增值稅銷項發票統計表和增值稅銷項發票清單(表2-9)，未能復印稅款的納稅人還需攜帶上月已開票的記賬聯進行存根聯。
壹般納稅人抄報稅應註意的事項:壹般納稅人抄報稅應註意的事項:
1.納稅人上月開具的增值稅專用發票是否全部復印申報；否則可能造成存根漏收；
2.壹般納稅人在每月中旬更換金稅卡時，需要特別註意更換金稅卡前已開具的增值稅專用發票是否已復印申報成功，否則需要攜帶未復印成功的發票存根聯或記賬聯到辦稅服務廳服務窗口進行非常規納稅申報，制作存根聯；
3.納稅人在報稅後發現比對不壹致應及時查明原因，不能隨便調整申報表數據進行備案。
壹般納稅人:
1.第壹，要做賬，要出報表。
2.如果有增值稅，進項票認證，然後去開票系統，先把增值稅開票的IC卡插入讀卡器，點擊發票管理，抄稅。填表，5張表。寫卡片，打印，增值稅清單，正負表等。
3.準備壹張寫有“中國稅務”字樣的IC卡，插入讀卡器。就像小規模的程序，先看卡填表，應該是五張增值稅卡，壹張主表，四張附表。資產負債表，損益表。另外，如果是機動車，還有三塊表。填好，調整打印紙，打印壹式兩份。寫壹張卡片。因為我的公司是銷售機動車的，所以應該有壹個從機動車開票系統導出報表並導入報稅系統，直接生成機動車銷售清單並連續打印報表的步驟。
4.蓋完公章後，拿著報表去辦稅大廳報稅。
小範圍沒那麽麻煩，直接在網上申報，打出來報表發給管理員就行了。