從稅收方面分析，對於合並方來說，主要是壹種支付行為，所以壹般不涉及稅收問題（非貨幣性資產支付壹般需要視同銷售）；對於被合並方來說，企業被合並註銷後，企業資產被兼並轉移，企業股東獲得收入，因此，被合並企業涉及資產轉移的稅收問題。財稅〔2009〕59號文件第四條第四項規定，企業重組，除符合本通知規定適用特殊性稅務處理規定的外，按以下規定進行稅務處理：
（1）合並企業應按公允價值確定接受被合並企業各項資產和負債的計稅基礎。
（2）被合並企業及其股東都應按清算進行所得稅處理。
（3）被合並企業的虧損不得在合並企業結轉彌補。以上處理，即壹般性稅務處理。
舉例：甲企業合並乙企業，乙企業被合並時賬面凈資產為5000萬元，評估公允價值為6000萬元。乙企業股東收到合並後新企業股權4000萬元，其他非股權支付2000萬元。此合並中，甲企業接受乙企業的凈資產按公允價值6000萬元作為計稅基礎。乙企業資產評估增值1000萬元需要按規定繳納企業所得稅，稅後按清算分配處理。
財稅〔2009〕59號文件第五條規定，企業重組同時符合下列條件的，適用特殊性稅務處理規定：
（1）具有合理的商業目的，且不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的。
（2）被收購、合並或分立部分的資產或股權比例符合本通知規定的比例。
（3）企業重組後的連續12個月內不改變重組資產原來的實質性經營活動。
（4）重組交易對價中涉及股權支付金額符合本通知規定比例。
（5）企業重組中取得股權支付的原主要股東，在重組後連續12個月內，不得轉讓所取得的股權。該文件同時規定，符合通知第五條規定條件的企業合並，企業股東在該企業合並發生時取得的股權支付金額不低於其交易支付總額的85%，以及同壹控制下且不需要支付對價的企業合並，可以選擇對交易中股權支付暫不確認有關資產的轉讓所得或損失。
舉例：甲企業合並乙企業，乙企業被合並時賬面凈資產為5000萬元，評估公允價值為6000萬元。乙企業股東收到合並後企業股權5500萬元，其他非股權支付500萬元，則股權支付額占交易支付總額比例為92%（5500÷6000×100%），超過85%，雙方可以選擇特殊性稅務處理，即資產增值部分1000萬元不繳納企業所得稅。同時，甲乙雙方的股份置換也不確認轉讓所得或損失。假設此比例不超過85%，則資產增值部分1000萬元要繳納企業所得稅250萬元，股份支付也要確認所得或損失。