壹、實質課稅原則的含義和在稅法原則中的地位
實質課稅原則，壹般是指征稅機關於征稅之時，遇有形式、外觀與經濟實質不相符合情形時應透過該外觀與形式，按其經濟實質予以征收的原則、方法。
稅法原則是構成稅收法律規範的基本要素之壹。任何國家的稅法體系和稅收法律制度都要建立在壹定的稅法原則基礎上。稅法原則可以分為稅法基本原則和適用原則兩個層次。
從法理學的角度分析，稅法基本原則可以概括成稅收法律主義、實質課稅原則、稅收公平與稅收合作信賴主義。實質課稅原則就是指根據納稅人的真實負擔能力決定納稅人的稅負，不能僅考核其表面上是否符合課稅要件。之所以提出這壹原則，是因為納稅人是否滿足課稅要件，其外在形式與內在真實之間往往會因壹些客觀因素或納稅人的刻意偽裝而產生差異。它的意義在於防止納稅人的避稅與偷稅，增強稅法適用的公正性。此觀點在我國稅法界已成為主流觀點，2005年全國註冊稅務師執業資格考試教材稅法1教材認同了此觀點，它有助於我們從宏觀上把握和運用實質課稅原則。
從稅法具體適用情況來看，稅法適用原則是指稅務機關和司法機關運用稅收法律規範解決具體問題所必須遵循的準則。主要包括法律優位原則、法律不溯及既往、新法優於舊法原則、特別法優於普通法的原則、實體從舊，程序從新和程序優於實體原則。有些學者也把實質課稅原則定位為稅法的適用原則之壹，認為實質課稅原則是在稅法的解釋、稅收的征納等具體適用稅法的過程中應遵循的準則，目的是為了公平、合理、有效地進行課稅。
此外還有其他壹些觀點，但是大部分觀點均肯定了實質課稅原則在稅法中的原則地位，只是對其位階的理解不同罷了，但對理論基礎的理解是基本壹致的。
二、實質課稅原則在征管實踐中的效用
（壹）維護了稅法的公平。實質課稅原則按照經濟現象的本質確定適用稅收法律法規，有效地防止了納稅人利用外在的交易形式來達到規避稅費。如當前部分不法分子為利用下崗失業人員再就業優惠政策，無視工商部門關於雇工8人以上不得辦理的個體工商戶的規定，大量辦理個體工商戶營業執照，違規申請減免稅。針對這種情況，《財政部 國家稅務總局關於加強下崗失業人員再就業有關營業稅政策管理的通知》(財稅[2004]228號)規定：“壹、財稅[2002]208號文件規定的對下崗失業人員從事個體經營活動免征營業稅，是指其雇工7人（含7人）以下的個體經營行為。下崗失業人員從事經營活動雇工8人（含8人）以上，無論其領取的營業執照是否註明為個體工商業戶，均按照新辦服務型企業有關營業稅優惠政策執行。”這使得稅務機關在審核減免稅過程中，對名為個體實為企業的納稅戶有了新的控管手段，能有效地防止重點稅源納稅戶通過辦理個體工商戶的經濟性質來騙取減免稅，維護了稅法的公平。
（二）維護了稅務執法的有效性。稅務機關在按照實質課稅原則確定適用稅收法規時，難免出現與其它法律法規相競合的現象。稅務執法行為是否有效？稅務機關可否淩駕於其它部門之上？從法理上來講稅務機關的行政管理活動應受“法律保留原則”的約束。所謂法律保留，是大陸法系國家行政法的壹個重要原則，它指的是對於社會生活中某些重要的事項，應保留給立法機關以法律規定之，其它任何法的規範都無權規定，行政權非有法律依據不得為之。故法律保留原則，也就是保留給法律去規定原則。我國《立法法》第8條規定了法律保留事項，其中就包括財政、稅收的基本制度。應該講，稅法實質課稅原則在法律的層面上卻肯定了稅務機關特定情形下執法的有效性，賦予了稅務機關在特定情況下有特定的職權。還是以上述下崗失業人員再就業優惠政策為例，辦理工商營業執照是工商部門的特定職權，除了人民法院司法審查包括稅務機關在內的任務國家機關都無權否認其行政行為的有效性。按常規做法稅務機關如認為工商登記有誤，應提請工商行政機關處理，等工商機關處理後再進行相關稅務處理。這樣不但稅務行政效率受到影響，而且對工商等行政機關的職務行為，稅務機關是平行單位，也無特別有效的監督機制。稅務機關無意表明工商登記在壹般領域有效無效，但稅務機關能按照自行取得的證據在稅收特定領域事實上對原有登記作出否定，即查明實質不符合形式時做出不予減免稅申請的決定，從而維護稅法的公平，這正是實質課稅原則運用的結果，維護了稅務執法的有效性
（三）阻止規避稅收行為。如財政部、國家稅務總局關於營業稅若幹政策問題的通知財稅[2003]16號第二條第（七）項：“單位和個人轉讓在建項目時，不管是否辦理立項人和土地使用人的更名手續，其實質是發生了轉讓不動產所有權或土地使用權的行為。對於轉讓在建項目行為應按以下辦法征收營業稅：1、轉讓已完成土地前期開發或正在進行土地前期開發，但尚未進入施工階段的在建項目，按“轉讓無形資產”稅目中“轉讓土地使用權”項目征收營業稅。2、轉讓已進入建築物施工階段的在建項目，按“銷售不動產”稅目征收營業稅。
在建項目是指立項建設但尚未完工的房地產項目或其它建設項目”，很顯然，按我國現行法律，不動產和土地使用權轉讓只有更名之後才完成了法律程序，但有些納稅人為規避稅費或是推遲納稅抑或其他客觀原因，就有可能不辦或遲辦更名手續。如果稅法壹味依附於法律形式稅務機關就會很被動，坐等稅收規避及流失。此文件規定運用實質課稅原則，很好地阻止了規避稅收行為。
（四）促進了組織收入。實質課稅原則解決了稅法公平和稅務執法的效力問題，客觀上也促進了組織收入。當前，基層征收機關對關聯企業間交易價格（大量的存在於“三資企業”）的納稅調整，是保證組織收入的重要手段和有效方法。新的《稅收征管法》第三十五條第六款規定：納稅人申報的計稅依據明顯偏低，又無正當理由的，稅務機關有權核定其應納稅額。諸如此類的條款在我國實體稅法中也有涉及，在特定情況下正確適用用核定征收的方法，無疑有效促進了稅收組織收入，這也是運用實質課稅原則的根本目的。<<國家稅務總局關於繳納企業所得稅的新辦企業認定標準執行口徑等問題的補充通知>>國稅發[2006]103號第五點：“主管稅務機關可以根據實質重於形式的原則，做如下處理：（壹）符合條件的新辦企業利用轉讓定價等方法從關聯企業轉移來利潤的，轉移過來的利潤不得享受新辦企業所得稅優惠政策。（二）符合條件的新辦企業，其業務和關鍵人員是從現有企業轉移而來的，其全部所得不得享受新辦企業所得稅優惠政策”，也就是利用實質大於形式的原則，防止不適當的進行減免稅，促進正常的稅收組織收入。
三、實質課稅原則在征管實踐中的問題
（壹）違背了稅收法律主義原則。實質課稅原則與稅收法律主義兩者的沖突主要表現在，前者側重追求實質正義，後者側重追求形式正義；稅收法律主義強調稅法確定性和可預測性，實質課稅原則需要稅法的靈活性和彈性；再有，稅收法定主義強調限制征稅主體的權利，偏重於保護納稅人的權利，而實質課稅原則重在防止納稅人對稅法的濫用，偏重於賦權與征稅機關等等。實質課稅原則如果漫無節制的適用，則稅收法定主義的精神將名存實亡，任何課稅均有可能依據實質的課稅原則加以正當化……因此，如何劃定實質課稅原則的界限，實在是實務界與學術界值得***同努力的目標。
（二）與稅收合作信賴主義相矛盾。稅收合作信賴主義包含兩方面的內容：壹方面，納稅人應按稅務機關的決定及時繳納稅款，稅務機關有責任向納稅人提供完整的納稅信息資料，征納雙方應建立起密切的稅收信息聯系和溝通渠道。另壹方面，沒有充足的依據，稅務機關不能提出對納稅人是否依法納稅有所懷疑。納稅人有權要求稅務機關予以信任，納稅人也應信賴稅務機關的決定是公正和準確的。實質課稅原則恰恰相反，是稅務機關對納稅人的申報情況進行審核評定，否認納稅人依法足額納稅。如當前房地產開發公司與建築公司常為關聯方關系，兩者為轉移利潤等目的，故意虛增或降低建築成本，而稅務機關為防止稅款流失，大都規定某區域內最低單位建築成本，強制要求納稅人按稅務機關的核定定額申報，而不是任由納稅人自行申報。總體來說，這樣核定是合理的，但是針對具體戶也有可能事實上存在偏差甚至大的偏差。
（三）對稅務取證提出了更高的要求。實質課稅原則，要求稅務機關查明經濟實質來否定原有的形式、外觀。對稅務取證工作提出了新的更高的要求。如當前的獨資和合夥企業在征收個人所得稅是有差異的，合夥企業要再分為各合夥人的所得再征個人所得稅。有些企業實際上是個人投資，但就是為了降低稅負，就借幾個人的身份證註冊及虛假合夥協議註冊登記為合夥企業。運用實質課稅原則，稅務機關查實形式是合夥實質是獨資企業，是可以按照獨資企業征收個人所得稅，並按偷稅處理的。但是這對稅務取證提出了新的更高的要求。現行稅務取證大多數是基層管理人員和稽查人員，但由於現行稅務檢查手段並不充分，稅務人員法律素質不夠，違法取證、違反程序取證，造成證據無效或效力不足等現象時有發生，很難適應運用實質課稅原則的嚴格要求。
（四）容易導致稅務人員權力的濫用和缺失。實質課稅原則是國家賦予稅務人員特有的權力，也是容易導致稅務人員權力的濫用和缺失。主要原因有三：壹是實質課稅原則往往會加重納稅人的稅負，納稅人對稅務人員執法監督熱情不高，由於經濟現象的外表具有欺騙性和隱蔽性，社會公眾也難以起到外部監督的作用；二是稅務人員職業道德素質和業務水平參差不齊。由於實質課稅原則的運用要有大量的證據，勢必要求稅務人員要有較強的調查能力、取證能力、防腐抗變能力，現行基層稅務機關人員職業道德素質和業務水平普遍較低，難以保障實質課稅原則的有效實施。在日常征管中，稅務機關在運用實質課稅原則時，由於沒有現成的健全的法律法規和操作規程，在去偽存真過程中，稅務機關內部意見常不統壹。如在確定關聯方定價問題時，以可比非受控價格還是再銷售價格抑或成本加成法，即使選定了其中的壹種方法，由於各方掌握的資料不壹，側重點不壹，稅務機關各個職能部門測算的也不相同，意見也很難統壹。三是內部執法監督難以到位。當前稅務執法監督基本上是定期進行，時間短、要求高、範圍廣、人員少，難以對復雜的個別經濟現象做系統深入的檢查，這也是導致稅務人員權力的濫用或缺失的原因之壹。
四、稅務機關運用實質課稅原則的思考
實質課稅原則是壹把“雙刃劍”，它在維護國家財政收入，實現稅收公平，維護稅務機關的行政執法地位方面發揮著不可估量的作用，但它也增大了稅務機關和工作人員的執法風險。
在當前基層稅務機關法制機構尚不健全，稅務人員法律素質參差不齊的現狀下，經濟交易形式多樣化的情況下，建議要特別謹慎地運用實質課稅原則來自行解決帶有普遍性的問題。稅務人員要增強自身素質，提高運用實質課稅原則的技巧，促進稅款入庫又能降低執法的風險，發揮實質課稅原則應有的指導作用。
壹是要加強思想政治教育。思想政治工作是壹切工作的生命線。稅收工作也不例外，通過思想政治教育，增強稅務人員聚財為國、執法為民的稅務工作宗旨，才能提高抵制腐敗行為的自覺性，才能公正執法、廉潔奉公。實質課稅原則壹定意義上來說是稅務機關行使自由裁量權的壹種具體形式，只有在稅務執法人員築起了牢固的思想政治防線才能真正公正執法，也才能保護自己。
二是要增強業務素質。不僅要掌握各種稅收政策等實體法，更要重視對《中華人民***和國稅收征管法》及其實施細則、《稅務行政復議規程》、《福建省稅務證據暫行辦法》等程序法律法規及規範性文件的學習，克服重實體輕程序、重政策輕法規的不良傾向。
三是加強調查取證工作。稅務人員要重視調查取證工作，利用合法可行的各種手段，不斷提高檢查質量。只有證據充分或適當，運用實質課稅原則才有說服力。建議完善立法時，可適當增加稅務稽查權利。當前，可充分運用稅務公安試點的作用，或探討稅務和公安聯合辦案的模式，在涉及實質課稅原則的偷稅大案的調查取證工作中取得突破。
四是建議要完善相應法律法規。當前，稅務機關的運用實質課稅原則在征管實踐中的集中表現是制定對納稅人具有普遍意義的規範性文件。但是規範性文件級別低，如無相關法律法規條款支撐，執法風險高，也很難讓納稅人信服。為此建議涉及實體征免的應由法律形式規定，當前情況下最好要用國務院條例的形式來規定，增加稅法執法的保障力度。只有具備核定征收情形，各級稅務機關在征管法及行政法規相關條款的框架內，才方便制訂壹些運用實質課稅原則的可執行性規範性文件。
這樣，實質課稅原則和稅收法定原則的關系才能得到有效平衡，實質課稅原則也才有正確發揮的空間，並在稅收管征中取得良好的效果。