對小規模納稅人來說，稅負率就是征收率百分之三，而對壹般納稅人來說，由於可以抵扣進項稅額，稅負率就不是百分之三或百分之九，而是遠遠低於該比例。通常情況下，當期應納增值稅等於應納增值稅明細賬“轉出未交增值稅”累計數加“出口抵減內銷產品應納稅額”累計數。
稅負率的分析和控制，主要從以下幾個方面：
1、從企業稅收負擔率的測算分析，企業稅負率等於本期累計應納稅額除以本期累計應稅銷售額乘以100%，如果稅負率差異幅度低於-30%，則該企業申報異常；
2、從企業銷售額變動率的測算分析，當月應稅銷售額變動率等於當月應稅銷售額減去上月應稅銷售額除以上月應稅銷售額乘以100%，如果累計應稅銷售額變動率或當月應稅銷售額變動率超過50%或低於-50%，應將應稅銷售額和應納稅額進行配比分析，以確定該企業申報是否異常；
3、從企業銷售成本變動率與銷售額變動率的配比分析，銷售成本變動率等於本期累計銷售成本減去上年同期累計銷售成本除以上年同期累計銷售成本再乘以100%；銷售額變動率等於本期累計銷售額減去上年同期累計銷售額除以上年同期累計銷售額乘以100%，如果企業銷售成本變動率與銷售額變動率的差異幅度超過各地設定的正常峰值，該企業申報異常；
4、從企業零負申報異常情況分析，如果企業應納稅額連續三個月等於0，該企業異常；
5、從增值稅專用發票開具金額變化分析，專用發票開具金額變動率等於當期申報的專用發票開具金額除以上期申報的專用發票開具金額乘以100%，上述公式測算的結果如果大於1.5，該企業申報異常。
綜上所述，綜合稅收負擔率，是在宏觀層面考察壹國的稅制情況，各稅種的稅收負擔率是在微觀層面考察納稅人稅收負擔是否正常，各自的衡量目標不同，故計算方法也有所不同。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法》第六十四條
納稅人、扣繳義務人編造虛假計稅依據的，由稅務機關責令限期改正，並處五萬元以下的罰款。
納稅人不進行納稅申報，不繳或者少繳應納稅款的，由稅務機關追繳其不繳或者少繳的稅款、滯納金，並處不繳或者少繳的稅款百分之五十以上五倍以下的罰款。
第六十五條
納稅人欠繳應納稅款，采取轉移或者隱匿財產的手段，妨礙稅務機關追繳欠繳的稅款的，由稅務機關追繳欠繳的稅款、滯納金，並處欠繳稅款百分之五十以上五倍以下的罰款；構成犯罪的，依法追究刑事責任。