稅源專業化管理已成為稅務機構強化稅收管理、提升稅收管理綜合水平的重要之舉。全國各級稅務機關都爭先開展稅源專業化管理研究和改革工作，按照新模式的要求積極探索和實踐，並取得了初步成效。
稅源專業化管理總體要求是以納稅遵從為目標，以風險管理為導向，以信息管稅為支撐，以專業化分工體制為保障，以分級分類為基礎，以核查申報納稅真實性、合法性為重點，進壹步規範和完善征管程序和運行機制，加快稅務機構專業化團隊建設，構建稅源專業化管理新體系。這壹總體要求客觀上對企業適應新管理模式提出了新的挑戰。
挑戰壹、稅源專業化管理新模式要求以納稅遵從為目標，以風險管理為導向。客觀上要求企業積極主動納稅、主動進行稅務風險分析和評估等工作。與傳統稅收管理模式比較，企業偷稅漏稅、僥幸心理及疏於風險分析和評估的管理狀況所面臨稅務機構多方力量監管、稅務信息重復申報、企業稅務工作負擔加重、企業遭遇稅務罰款、財稅主管人員遭遇行政處罰甚至羈押等諸多風險明顯增大。
挑戰二、稅源專業化管理新模式要求以信息管稅為支撐。對企業稅務管理信息化提出了更高要求，並可能加大企業日常稅務信息管理及報送的工作量。傳統模式下依靠簡易信息工具進行稅務信息搜集和處理的做法將難以適應稅源專業化管理的要求。
挑戰三、稅源專業化管理新模式要求以專業化分工體制為保障，以分級分類為基礎。這壹模式將逐漸形成企業稅務征管由稅務人員個人專管轉向團隊管理，專管機構由單壹機構轉向多層級、跨區域機構監管，將大大增加企業與各級稅務機構、稅務機構各環節人員工作交流的工作量與成本，並易受稅務征管機構和人員執法素質、責任心等因素的影響。
挑戰四、分級分類的專業化管理模式，以及稅務機構專業化團隊建設，將使稅務機構越來越熟悉分類企業的業務特性及稅務管理狀況，企業業務經營中的各項稅源將充分暴露在稅務機構的監管之下，從而加大企業稅務管理的風險和稅收成本。
挑戰五、稅源專業化管理新模式要求以核查申報納稅真實性、合法性為重點，進壹步規範和完善征管程序和運行機制。按照這壹要求建立的稅收征管體系將更加註重程序的完善化、規範化，運行機制將更加嚴格和成熟。對企業稅務管理的要求將更加嚴格和精細化，從而進壹步加大企業進行稅務管理的工作量和工作強度。同時，完善和規範的稅收征管程序有可能在無形中成為企業與稅務機構間的溝通障礙。