第壹步，買方或賣方納稅人在增值稅發票管理系統(以下簡稱發票管理系統)中填寫紅字增值稅專用發票開具信息表(以下簡稱信息表)。根據買方是否使用過電子專用票申報抵扣，信息表的發放方式有兩種。第壹類是買方發出的信息表。如果買方已使用電子專用票申報抵扣，買方將在發票管理系統中填寫並上傳信息表。在這種情況下，不需要在信息表中填寫相應的藍色電子特價機票信息。第二類是賣家發布的信息表。如果買方未使用電子專用票申報抵扣，賣方將在發票管理系統中填寫並上傳信息表。在這種情況下，需要在信息表中填寫相應的藍色電子特價機票信息。
第二步是稅務機關信息系統的自動核查。稅務機關通過網絡接收納稅人上傳的信息表，系統自動核對後，生成帶有紅字發票信息表編號的信息表，並將信息同步到納稅人的系統。
第三步，賣方納稅人開具紅字電子專用票。賣方在發票管理系統中查詢驗證後的信息表，即可開具紅字電子專用票。紅字電子專用票應與信息表壹壹對應。
需要註意的是，在買方已使用電子專用票申報抵扣的情況下，買方開具信息表與賣方開具紅字電子專用票之間可能存在壹定的時滯，因此買方應將信息表中列示的增值稅金額從當期進項稅額中暫轉出，在取得賣方開具的紅字電子專用票後，與信息表壹起作為記賬憑證。