從稅收收入構成中發現評估疑點的方法是：
通過人與計算機的結合，采取指標分析和綜合分析相結合的方法，對零、負申報戶、納稅異常戶以及用票異常戶和某些特定的納稅人，與上年同期、歷史同期和行業指標進行比較分析，找出評估疑點，分析產生的原因。
但計算機分析只能解決壹些***性問題，而對不同行業、不同財務核算制度的納稅人，不同企業規模、不同附加值水平等計算機不能分析的情況，采用人工做進壹步分析。
1、通過計算機征管業務系統自動分析生成的零申報戶、納稅異常戶以及用票異常戶，尋找企業自行申報中隱瞞銷售收入或進行虛假申報的疑問。
2、人機結合進行評估分析，利用納稅人的各項經濟指標，比如銷售變動率、成本利潤變動率、稅負率等正常變化幅度和峰值等標準值反復進行橫向和縱向對比分析，以發現納稅申報中存在的異常申報的問題。
3、人工進行評估分析，對企業報送的納稅申報資料進行邏輯關系的認定審核分析，以發現異常申報問題。
按納稅評估工作操作規程，通過規範各評估程序，使評估的日常管理達到規範、統壹。
1、統壹納稅評估工作計劃。
2、統壹納稅評估文書，明確日常納稅評估工作參考文件，要求各單位嚴格參照上級局下發日常評估文件的各項規定，規範使用納稅評估工作文書。同時為統壹納稅評估使用方法，實行了納稅評估的統壹電子模版、統壹案例編碼，使納稅評估工作更加規範。
3、統壹納稅評估案卷標準，以執法案卷的標準，規範評估文書的制作，確保納稅評估文書規範完整。
納稅評估是稅務機關通過案頭審核，對納稅人當期納稅申報情況進行定性和定量分析，及時發現“疑點”，采取進壹步征管措施，督促納稅人糾正差錯，從而有效地降低稅收風險，保證納稅人的納稅申報質量，大大減少了稅款流失。風險提醒對於政策宣傳、稅源管理、稅務稽查等工作起著促進作用。