主要區別如下：
1、概念不同
（1）1210是給入駐保稅區（B型保稅物流中心）的跨境電商的海關監管代碼。
（2）9610是給跨境電商的海關監管代碼。
2、退稅方式不同
（1）1210俗稱備貨模式，保稅倉的商品可以多次先出口，經過監管區，到每月月底來匯總數量之後，再壹次性口岸集報，生成壹份正式報關單，等於說壹個月的量，最後再由跨境電商企業去稅局辦理退稅。
（2）9610就是俗稱的集貨模式，采用“清單核放、匯總申報”方式，電子商務企業向海外出售的貨物以郵、快件等方式運輸，分批核放出境，之後定期將已核放的清單歸並形成報關單，並根據相關合作機制通過電子口岸將報關單電子數據提供給稅務、 外匯管理部門，便利電子商務企業辦理退稅、結匯手續。
四位代碼，其中前二位是按海關監管要求和計算機管理需要劃分的分類代碼，後二位為海關統計代碼。“96”應該代表“跨境”，“12”應該代表“保稅”。其他類似的代碼還有0110，代表的是壹般貿易。
9610-直購進口模式：
“9610”全稱“跨境貿易電子商務”，簡稱“電子商務”，俗稱“集貨模式”。
適用於境內個人或電子商務企業通過電子商務交易平臺實現交易，並采用“清單核放、匯總申報”模式辦理通關手續的電子商務零售進出口商品。
1210-保稅備貨模式：
“1210”俗稱“備貨模式”，操作起來比“9610”要簡單的多，但目前只能在國內跨境電商試點城市，及跨境電商綜合試驗區的城市的保稅物流中心執行。
“1239”全稱“保稅跨境貿易電子商務A”,簡稱“保稅電商A”。與“1210”監管方式相比，“1239”監管方式適用於境內電子商務企業通過海關特殊監管區域或保稅物流中心(B型)壹線進境的跨境電子商務零售進口商品。
海關在監管時為了將二者區分開來：對於免通關單的試點城市，繼續使用1210代碼；對於需要提供通關單的其他城市（非試點城市），采用新代碼1239。綜合來說，9610是給跨境電商的海關監管代碼。1210是給入駐保稅區（B型保稅物流中心）的跨境電商的海關監管代碼。