稅務機關依法行政取得了顯著成效，但依然存在著法制意識淡薄，依法辦事能力不強；執法不嚴格、不規範，工作中重結果輕程序；權力制約弱化和監督滯後等問題，這些問題都將嚴重影響稅收行政執法，形成執法風險。稅收執法過程中可能面臨的風險大致有以下幾種。
稅收征管風險
主要表現為稅務登記不準確、納稅人性質認定錯誤、減免稅劃分不準確、定稅程序不嚴格、稅率執行有誤等；稅收執法人員徇私舞弊或者玩忽職守，不征或者少征稅款；違反法律、行政法規的規定提前征收、延緩征收稅款；隨意改變稅種、入庫級次和入庫地點等。不規範的稅收征管行為，使稅收執法機關面臨形象受損、執法信譽降低的風險。其直接負責的主管人員和其他直接責任人員還將面臨行政責任或刑事責任追究的風險。
稅務檢查風險
主要表現為稅收執法機關或執法人員在對納稅人進行檢查時，不按規定程序和要求進行調查取證；稅收執法人員徇私舞弊，對依法應當移交司法機關追究刑事責任的涉稅犯罪案件不移交；濫用職權違法采取稅收保全措施、強制執行措施，或者采取稅收保全措施、強制執行措施不當，使納稅人、扣繳義務人或者納稅擔保人的合法權益遭受損失；在對納稅人做出補稅或處罰決定時，未能聽取納稅人的陳述，以及不按程序舉行聽證或未完整地告知訴訟權等。這些不規範行為往往使納稅人的利益受到損害或使納稅人感覺受到了損害，由此提起行政復議或訴訟，稅務機關將可能承擔執法決定被撤銷或變更，對納稅人進行經濟賠償等不良後果，其直接責任人員也可能被追究行政責任甚至刑事責任。
其他風險
主要表現稅收執法人員利用職務上的便利，收受或者索取納稅人、扣繳義務人財物或者謀取其他不正當利益，或者濫用職權，故意刁難納稅人、扣繳義務人；廉政防範意識不強而造成的瀆職失職、貪汙腐敗行為，從而面臨的行政或刑事處罰等風險。