申請稅收優惠政策的合作社應當是生產經營活動正常、經營成果核算完整準確、運作規範的合作社。具體來說，應符合以下條件:壹是應有完整的會員賬號，包括會員的姓名、地址、身份、身份證號、產品範圍等；二是有健全的財務賬目，包括資本金和股份比例、交易金額、總賬和相應的明細賬。符合上述條件的合作社應向當地稅務機關提出申請，並在申請時提供合作社營業執照、稅務登記證復印件及當地稅務機關要求的其他相關文件。根據中華人民共和國財政部、國家稅務總局《關於農民專業合作社稅收政策的通知》的規定，經主管稅務機關審核，對符合享受稅收優惠政策條件和要求的合作社，銷售本社社員生產的農產品，給予相應的稅收優惠。
具體來說，退稅的壹般程序是:
(1)申請:納稅人申請退稅時，應如實填寫退稅申請審批表，並提供相關證明文件、證件和資料(納稅人提交資料時應填寫稅務文書所附資料清單)，包括書面申請、完稅憑證復印件、批準文件(如減免稅批復)或經稅務機關核實的各種清算單、結算單、處置決定等。
(2)受理:地方稅務機關對納稅人提交的證件、證件及相關資料進行審核，對證件、證件、資料齊全無誤的予以受理，對受理憑證進行登記，並向納稅人打印《領取稅務憑證通知書》；文件、證件、資料不齊全或者不正確的，應當當場予以說明，並壹次性告知補正內容。
(3)退稅:地方稅務機關核實後，辦理退稅手續，打印《中華人民共和國稅收收入退稅專用函》，送國庫辦理退稅手續。經調查不符合退稅條件的，將提交的文件、證件、資料退還納稅人。
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