審批程序不嚴謹，產生稅務風險
按照《高新技術企業認定管理辦法》（國科發火〔2008〕172號）對高新技術企業的審批程序的規定：企業按照認定管理辦法規定向高新認定組織提出認定申請，由高新認定領導小組認定高新企業資格，企業獲得資格認定後，到主管稅務機關申請減免稅優惠。主管稅務機關壹般采取前期備案，後期審核的工作方式。
圍繞高新技術企業認定管理辦法中的相關規定，企業需要同時符合管理辦法中的相關條件，才能享受高新技術企業所得稅優惠。但由於這些條件的審核，首先由高新技術企業資格認定小組認定，雖然認定小組也出具相關審核資料，但由於相關數據口徑不統壹，造成後期主管稅務機關的審核與前期資格認定的內容不符。企業不符合管理辦法中的相關條件，從而引起主管稅務機關追繳企業前期享受的稅收優惠。
由於高新資格認定條件量化不夠嚴謹，彈性過大，考核口徑不統壹，主管稅務機關審核部門對管理辦法中的認定條件進行後期審核，由此會產生較大的爭議，產生稅收風險。
相關部門對認定條件和內容爭議較大
壹是核心自主的知識產權界定存在爭議。
根據高新技術企業認定管理辦法第十條第壹款的規定：在中國境內（不含港、澳、臺地區）註冊的企業，近三年內通過自主研發、受讓、受贈、並購等方式，或通過5年以上的獨占許可方式，對其主要產品（服務）的核心技術擁有自主知識產權。該條規定中明確，通過5年以上的獨占許可方式，對其主要產品（服務）的核心技術擁有自主知識產權。該條款在實際工作中存在較大的爭議。
壹些企業的產品，存在多種技術並存的情況，而其中某些技術屬於非獨占許可。且這些非獨占許可的技術在企業早期就已經存在。企業同壹產品壹直處於更新升級狀態以適應市場的變化。這些變化的產生根源是企業技術和工藝的進步，這些技術和工藝也取得專利或非專利技術。那麽對其主要產品核心技術如何界定，成為當前爭議的焦點。
從時間判定，這些產品的基礎技術產生於早期的非獨占方式取得的“生產技術”，而後期持續進行的技術升級與前期的“基礎技術”已經有了區別或根本性的區別。後期升級的技術也給企業產生了經濟效益。那麽這個核心技術是以哪個技術為主呢？在實際稅收征管工作中，由於稅務機關無法對核心技術準確定義，僅依據“高新企業認定小組”的批文作為享受稅收優惠的依據。（評：稅務機關對“技術”內容進行定義，是否越位行政？）在此情況下，容易產生理解上的差異，產生大的稅收風險。
二是認定管理辦法中，研發費內容與稅務機關核定內容不統壹，量化內容存在爭議。
根據企業所得稅法實施條例第九十三條和高新技術企業認定管理辦法第十條，高新技術企業認定須同時滿足多個條件。在這些條件中，企業研究開發費用占銷售收入的比例不低於規定比例的條件是相對容易量化的指標，稅務機關基本圍繞這個指標內容的真實性判斷開展審核。
按照高新技術企業認定管理辦法的要求，企業壹般都盡量按照比例要求，進行研發費的歸集。企業為了達到規定標準，盡力將其他支出，在研究開發費用會計科目歸集。這些歸集的費用在滿足高新技術企業認定管理辦法條件比例的同時，按照企業所得稅法規定，研究開發費用還可以在企業所得稅前加計50%進行扣除（非高新企業也可享受）。所以對於高新技術企業來說，研發費加計扣除的審批與否，在壹定程度上，也將直接影響著高新技術企業優惠政策能否順利實現。
按照邏輯關系，企業研究開發費用的真實性是企業享受高新稅收優惠的前提。稅務機關未同意加計扣除，說明研發費扣除存在不符合相關規定的情況。如果稅務機關的判定是正確的，這樣的結果將直接影響企業研發費占收入總額的比例。
但當前的實際情況是，企業享受高新企業所得稅優惠與部分研發費不能享受加計扣除稅收優惠並存。之所以出現這樣的矛盾，主要是在資格確認條件中，研發費的範圍與加計扣除的研發費範圍不壹致，高新技術企業認定管理辦法中的研究開發費用內容大於企業所得稅法中可以加計扣除的研究開發費用的內容。大於加計扣除標準的研究開發費用部分，稅務管理存在很大的難度，這點尚存在爭議。由於研發費內容缺少量化的統壹標準，高新企業後期稅務管理也存在稅收隱患。（評：兩個不同口徑的研發費用核算範圍實在是有點認為增加執法難度了）
另外，企業研發費支出內容與企業產品常規性升級、設計等支出沒有明確的界限，造成研發費內容過於寬泛。當前很多企業屬於協作化生產企業，壹般來說，先有訂單，後有針對性的工藝升級和設計。在設計和改造過程中有些能夠形成專利技術或非專利技術。但多數情況下是屬於按照產品特性進行有針對性的工藝和設計，這是否屬於研發費用也存在爭議。
在對高新技術企業資格確認過程中，研發費範圍應與企業所得稅法的研發費內容相統壹。稅務機關對研發費相關內容的確認及加計扣除的審批程序，應作為高新技術企業資格的前置確認程序。這樣才能使企業規避稅收風險，使企業更完整地享受國家給予的稅收優惠。