稅務稽查的執法主體是稅務局稽查局。《稅收征管法實施細則》第九條第壹款規定，稽查局的法定職責是專司偷稅、逃避追繳欠稅、騙稅、抗稅案件的查處。國家稅務總局應當明確劃分稅務局和稽查局的職責，避免職責交叉。”因此，國稅函[2003]140號《關於稽查局職責問題的通知》規定“在稅務局與稽查局的職責未明確之前，稽查局的現行職責是稽查業務管理、稅務檢查和稅收違法案件查處；凡需要對納稅人、扣繳義務人進行賬證檢查或者調查取證，並對其稅收違法行為進行稅務行政處理（處罰）的執法活動，仍由各級稽查局負責”。新的稽查規程也進壹步明確了稽查局的職責。
稅務機關實施日常檢查的職責是清理漏管戶、核查發票、催報催繳、評估問詢，了解納稅人生產經營和財務狀況等不涉及立案核查與系統審計的日常管理，不能混淆了稅務局與稽查局的職責。國家稅務總局《關於進壹步加強稅收征管基礎工作若幹問題的意見》（國稅發（2003）124號）及國家稅務總局（國稅發[2004]108號）都壹再強調要劃清日常檢查與稅務稽查的業務邊界，避免超越日常檢查的職責，查處稅收違法案件，導致的執法主體錯誤。
計算機選案的指標主要有以下幾個方面：分行業生產經營指標平均增長值分析、分行業財務比率分析、企業常用財務指標分析、流轉稅類選案分析、企業所得稅稅前限制列支項目指標分析、進出口稅收指標分析、稅收管理指標分析等。
隨著稅收法制建設的不斷加強，納稅人的稅收法制觀念也在不斷提高，稅務稽查文書送達後，被查對象壹般都能自動履行稅務機關做出的法律文書所規定的義務——自動辦理補報繳納。逾期不履行的，稅務機關將采取強制執行措施。