根據《稅務機關開具增值稅專用發票管理辦法(試行)》第十二條規定，發生填開錯誤、銷售退貨或者銷售折扣的，按照專用發票的有關規定處理。
稅務機關代填錯誤專用發票的，應及時在防偽稅控開票系統中作廢並補辦。開具專用發票後發生退款的，由稅務機關按照增值稅壹般納稅人作廢或開具反面專用發票的有關規定處理。需要重新開具發票的，稅務機關應當同時清算新發票稅額和原發票稅額，多退少補；對不需要重新開具發票的，增值稅納稅人已繳納的稅款，按照有關規定在下期申報的正常稅款中予以退還或抵扣。
擴展數據:
稅務機關開具增值稅專用發票管理辦法(試行)第七條增值稅納稅人申請開具增值稅專用發票時，應當填寫《開具增值稅專用發票納稅申報表》連同稅務登記證復印件，按照專用發票上註明的稅額在主管稅務機關的征收崗申報繳納稅款，同時繳納專用發票工本費。
第八條征收崗收到《申報表》後，應審核以下事項:
(壹)是否屬於稅務機關管轄的增值稅納稅人；
(二)《申報表》上增值稅稅率填寫、稅額計算是否正確。
審核無誤後，征收崗應通過防偽稅控代開票征收子系統錄入申報表相關信息，按照申報表上註明的稅額征收稅款，開具完稅憑證，同時收取專用發票工本費，按照規定開具相關票證，並將相關稅收電子信息及時傳輸至開票崗。
不使用防偽稅控開票征稅子系統前的紙質憑證臨時交付。稅務機關可以通過三種方式征收稅款，即稅務銀聯網絡轉賬、銀行卡(POS機)轉賬或收取現金。
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