國稅立案協查是十分嚴重的
國稅稽查局的工作包括：正常檢查、專項檢查、舉報檢查及上級交辦的檢查，現在大多的協查案件都是發票協查。由省局將案件報到國家局，國家總局通知涉案地方省局協辦，協辦局將檢查結果在規定時間內上報國家局。
為防範和打擊發票違法犯罪行為，稽查局積極采取有力措施，加強發票協查監控管理，發揮發票協查工作的重要功能，確保協查案件的查處質效。
壹是強化責任，明確到人。對發票協查工作進行周密安排，建立協查函登記臺賬，嚴格落實協查案件查辦責任制，明確了專人負責制，做好登記、查詢、查辦、信息反饋等工作。
二是規範流程，嚴格管理。按照委托協查和受托協查，分別制定工作流程，明確案件協查登記、協查實施、函件回復等環節的工作標準和要求，嚴格按要求開展檢查和回復工作，做到快批、快查、快結，提高協查工作效率。
三是註重線索，逐戶核實。在協查中保持高度的敏銳性，對協查案件深入分析，及時發現案源線索，采取實地調查，逐份逐戶對票、貨、款等關鍵環節進行調查取證。
四是及時檢查，按期回復。案件檢查完畢，按照規定期限進行反饋，並及時整理歸檔，確保按期回復率達到100%。
根據稅務部門檢查統計，無壹戶不存在著發票使用方面的問題，且非法憑證使用的範圍也在逐漸擴大，以往只存在於個別費用中，現在這只“黑手”已伸到了生產的第壹環節----原材料，從而給會計核算的真實性帶來了不確定因素。某些單位存在壹些諸如：不開發票或者虛購經營業務活動、虛開發票的問題，納稅人將這些虛開發票入賬後，達到了繳小稅、偷大稅的目的，尤其是運輸發票的多開，企業既多抵扣了增值稅，又加大了企業稅前費用的支出，侵蝕了企業所得稅稅基。壹些企業在發票上開具的金額、數量明顯與實際發生的金額數量明顯存在差異，由此帶來了協查問題的產生。
壹些單位存在著原材料“估價入賬”的問題，根據財務制度的規定，企業在購進原材料時，材料已經入庫，而結算憑證尚未到達的情況下，應根據供貨合同估價入帳，借記“原材料”科目，貸記“應付帳款—暫估應付帳款”科目，次月初再用紅字作上述相同的分錄沖回，而這些單位卻以種種理由違反財務制度規定，不再沖回上述科目，這樣不僅有可能造成對方單位未開增值稅發票少記收入情況的發生，而且還影響該單位增值稅、企業所得稅的真實申報繳納情況，因此有必要調查這些單位材料發生的真實性。