1、掌握情況：稅務機關在發現納稅人可能存在違法行為後，可以通過稅務信息系統、稅務登記檔案等渠道了解相關情況，確定是否需要進行協查；
2、發出通知：稅務機關對需要進行協查的納稅人發出書面通知，通知內容應包括協查的事由、時間、地點、要求提供的涉稅資料等；
3、進行協查：在通知規定的時間和地點，納稅人應當配合稅務機關進行協查，提供涉稅資料和協助稅務機關進行現場檢查；
4、稅務機關審核：稅務機關對提供的涉稅資料進行審核核實，如發現問題需要進壹步深入調查，則可以延長協查時間；
5、出具意見：稅務機關根據協查結果出具協查意見，如果發現納稅人存在違法行為，將依法進行行政處罰或者移送司法機關處理。
稅務協查條件：
1、納稅人應當依法進行納稅申報和繳納稅款，如存在違法行為或者涉嫌違法行為，稅務機關可以對其進行協查；
2、稅務機關應當依法開展協查工作，出具書面通知並在通知中明確協查的事由、時間、地點、要求提供的涉稅資料等；
3、納稅人應當積極配合稅務機關進行協查，提供涉稅資料和協助稅務機關進行現場檢查；
4、稅務機關對提供的涉稅資料進行審核核實，如發現問題需要進壹步深入調查，則可以延長協查時間；
5、稅務機關根據協查結果出具協查意見，如果發現納稅人存在違法行為，將依法進行行政處罰或者移送司法機關處理。
綜上所述，稅務協查應當依法進行，納稅人有權要求稅務機關出示協查的合法文書，如有必要可以委托律師進行協助。
法律依據：
《稅收違法案件發票協查管理辦法（試行）》 第五條
國家稅務總局應當逐步推進稅收違法案件發票協查信息化，將稅收違法案件發票協查全面納入協查信息管理系統進行管理。
第六條
委托方對稅收違法案件中需調查取證的發票采取發函或者派人參與的方式進行協查。發函是指委托方向受托方發出《稅收違法案件協查函》，包括寄送紙質協查函和通過協查信息管理系統發出協查函。紙質協查函原則上采取同級發函的方式進行。