確定檢查
2名以上檢查人員實施，出示稅務檢查證和《稅務檢查通知書》，（包含異地協查）各級稅務部門的檢查計劃確定後，壹般由縣級以上的(含縣級)稅務部門的負責人用指令方式委派檢查人員，並於進戶檢查前簽發《稅務檢查通知書》. 《稅務檢查通知書》壹式三份，壹份送主管征收局，壹份送交被查單位及個人，壹份留存。
實施檢查
1、調取賬簿憑證等
在檢查過程中，稅務檢查人員使用統壹的檢查文書，並由檢查人員簽名蓋章以示負責。檢查文書不得銷毀，壹律與其它檢查資料壹起裝訂入卷。
檢查人員在審閱賬簿和憑證時，對遇到的可疑問題，會應隨時做好記錄，並針對問題的性質，進行調查核對。
檢查開始後，檢查人員要對所檢查的賬簿、憑證進行登記賬簿名稱、賬戶名稱、頁次、憑證號碼及起訖日期、檢查人、檢查日期、檢查期限等。
對在賬簿、憑證中發現的問題，進行追蹤檢查。
對於檢查賬簿、憑證不能解決的問題，檢查人員會深入車間、倉庫、工地、門市部等部門，向有關人員調查，並且查閱原始記錄、盤點實物與賬簿、憑證核對。
2、稅務詢問
3、查詢銀行賬戶責成提供有關資料
4、到實際經營地進行檢查
5、檢查托運、郵寄的財產單據、憑證和資料
6、記錄錄音錄像照相和復制
不能取得原件的，可以錄音、錄象、影印或復制、復印。在證據可能滅失或者以後難以取得的情況下，經稅務機關負責人批準，可以先行登記保存，並應當在規定期限內及時作出處理決定，在此期間當事人或者有關人員不得銷毀或者轉移證據。
7、應用其他方法檢查
獲取並固定證據，形成檢查結論
1、無違法行為
直接制作處理決定，送達行政相對人執行
2、有違法行為
檢查是否需要行政處罰。如需要，則進入行政處罰壹般流程，制定處罰決定，送達行政相對人並執行。違法行為構成犯罪的，將案件移送司法機關；無需行政處罰的，直接制定處理決定送達行政相對人執行。