法律分析：①性質不同。稅務行政復議是屬於行政機關的行政活動，稅務行政訴訟是屬於司法機關的司法活動。②管轄機關不同。稅務行政復議原則上由原處理機關的上壹級稅務機關或本級人民政府管轄;而稅務行政訴訟則由人民法院管轄。③審理方式和程序不同。人民法院審理稅務行政案件實行合議、回避、公開審判、兩審終審和辯論制度;而稅務復議機關審查稅務復議案件以書面審查為原則(必要時才采取其他方式)，且實行壹級復議制度。④效力不同。人民法院對稅務行政案件的判決和裁定具有終局性，當事人對裁決和裁定不服只能進行申訴，且申訴不影響法院裁決的執行力;稅務行政復議則不同，除國務院所作的裁決外，其他復議機關所作的稅務行政復議決定不具有終局性，申請人對復議決定不服可向人民法院提起訴訟。
法律依據：《中華人民***和國行政訴訟法》第十二條人民法院受理公民、法人或者其他組織提起的下列訴訟：(壹)對行政拘留、暫扣或者吊銷許可證和執照、責令停產停業、沒收違法所得、沒收非法財物、罰款、警告等行政處罰不服的；(二)對限制人身自由或者對財產的查封、扣押、凍結等行政強制措施和行政強制執行不服的；(三)申請行政許可，行政機關拒絕或者在法定期限內不予答復，或者對行政機關作出的有關行政許可的其他決定不服的；(四)對行政機關作出的關於確認土地、礦藏、水流、森林、山嶺、草原、荒地、灘塗、海域等自然資源的所有權或者使用權的決定不服的；(五)對征收、征用決定及其補償決定不服的；(六)申請行政機關履行保護人身權、財產權等合法權益的法定職責，行政機關拒絕履行或者不予答復的；(七)認為行政機關侵犯其經營自主權或者農村土地承包經營權、農村土地經營權的；(八)認為行政機關濫用行政權力排除或者限制競爭的；(九)認為行政機關違法集資、攤派費用或者違法要求履行其他義務的；(十)認為行政機關沒有依法支付撫恤金、最低生活保障待遇或者社會保險待遇的；(十壹)認為行政機關不依法履行、未按照約定履行或者違法變更、解除政府特許經營協議、土地房屋征收補償協議等協議的；(十二)認為行政機關侵犯其他人身權、財產權等合法權益的。除前款規定外，人民法院受理法律、法規規定可以提起訴訟的其他行政案件。