宿遷市地方稅務局內設12個職能處（室）：
（壹）辦公室負責處理局機關日常政務，起草和審核有關文件和報告；負責會議組織、秘書事務、文電處理、信息綜合、文書檔案、工作督查、辦公自動化、信訪、保密、雙擁和稅收宣傳工作；制定機關內部工作規則；管理機關財務；負責局機關後勤服務工作。
（二）人事處
負責全市地稅系統人事管理工作，管理系統幹部人事、勞動工資和福利以及機構編制等工作；按照幹部管理權限，負責系統領導班子建設和後備幹部隊伍建設；負責對市局機關和直屬部門的人事管理工作，以及幹部職工的學歷教育和培訓；負責出國（境）人員的審查、報批工作；負責老幹部的服務、管理工作。
（三）基層工作處
負責全市地稅系統的思想政治工作和精神文明建設；負責縣地方稅務局幹部學歷教育和教育培訓工作；負責系統內先進集體、先進個人的評選表彰和基層建設等工作。
（四）計劃財務處
貫徹執行稅收計劃、會計、統計制度；負責全市地方稅源的預測；負責各項地方稅收、基金、費收入計劃的編制、分配、考核、分析和信息數據的匯總、統計、審核工作；負責組織稅款入庫工作；辦理全市地方稅收、基金、費等票證的印制和管理工作；負責全市地稅系統經費、財務、制服、固定資產的管理和監督工作；參與系統內部審計工作。
（五）征收管理處
組織實施稅收征管法律、法規及規章、制度，結合實際研究制定加強征收管理的制度辦法；負責稅務登記、納稅申報、普通發票和稅收征管資料的管理，以及地方稅滯補罰收入管理；負責指導個體、私營和零散稅收的征管工作；負責緩繳稅款的審核、呆帳稅金的認定和死欠稅金核銷的審核；負責欠稅及日常稽核工作的管理。
（六）稅政壹處
負責營業稅、土地增值稅、城市維護建設稅、車般使用稅、城鎮土地使用稅、固定資產投資方向調節稅、印花稅、房產稅、屠宰稅、筵席稅、資源稅及教育費附加等稅政業務和征收管理工作；按照稅收管理權限，制定具體征收管理辦法，處理執行稅收政策中的有關事項；負責文化事業建設費的征收管理工作；組織和指導全市上述各項稅收工作的開展。
（七）稅政二處（基金管理處）
負責企業所得稅、個人所得稅等稅政業務和征收管理以及城鎮集體企業和私營企業的財務監督檢查工作；負責國務院和省政府指定的各項基金和費的征收管理工作；按照稅收管理權限制定具體征收管理辦法，處理執行稅收政策中有關事項；組織和指導全市各項稅收工作開展。
（八）政策法規處
負責地方稅收法制工作的調查研究；參與有關地方稅收法規、規章的起草工作；制定地方稅收規範性文件；負責對地方稅收執法情況的監督檢查；承辦重大稅收案件的審理和行政處罰工作；辦理稅務行政訴訟、行政處罰聽證和行政復議；承擔有關稅收法規文件的清理、鑒定和匯編工作。
（九）信息管理處
負責制定全市地稅系統稅收信息工作規劃並組織實施；負責信息資料的統壹管理、提供信息服務和技術保障；負責稅務管理工作中的資料管理、數據采集、加工分析和信息服務工作；參與地稅系統征管軟件的開發和推廣工作；負責全市地稅系統計算機設備的配置、維護和日常管理；負責全市地稅系統信息網絡的建設、維護和管理。
（十）監察室
負責監督檢查本局工作人員執行國家法律、行政法規和規章制度的情況，辦理有關檢舉揭發稅務工作人員違反稅收政策、法令、制度、規定問題的人民來信、來訪工作；指導全市地稅系統監察工作的開展，加強系統內的行風建設、廉政建設和開展反腐敗鬥爭，制定並強化監督制約機制，調查處理行政違紀案件。
（十壹）機關黨委
履行《中國***產黨黨章》第三十壹條和《中國***產黨黨和國家機關基層組織工作條例》第十壹條規定的各項工作職責；領導工會、青年團、婦委會等群團工作，支持其依照各自章程獨立負責地開展工作；負責雙擁、扶貧等工作；負責上級交辦的其他事項。
（十二）納稅服務中心
（1）負責納稅服務體系建設：按照省局要求，結合我局實際制定納稅服務工作規範、具體操作流程及相關制度；
（2）負責納稅服務工作調研策劃、組織實施、考核評價工作；
（3）負責辦稅服務廳規範化建設和辦稅服務管理工作；
（4）負責市區所轄範圍內納稅人地方各稅、政府指定的基金（費）、社會保險費的征收、統計核算及信息傳遞工作；
（5）負責12366服務熱線、地稅網站等服務平臺管理工作；
（6）受理有關納稅服務的投訴、舉報，組織開展（除稅務行政復議、應訴以外的）法律援助和救濟服務，指導稅收爭議的調解，組織納稅人（社會）滿意度調查；
（7）負責開展各類稅法宣傳；
（8）負責省局網站信息報送、日常管理工作；
（9）負責註冊稅務師管理工作；
（10）負責納稅信用體系建設和信用等級評定工作；
（11）負責駐市行政服務中心地稅窗口工作；
（12）負責上級交辦的其他工作事項。