孫軍出生在壹個籃球世家，父母都曾是專業籃球運動員。1986年初，時任中國青年隊主教練的馬家鐸將之前他在全國青年錦標賽中相中的孫軍調入隊中，開始了他為國效力的歲月。壹年後，孫軍入選新壹屆國青隊，並打上了主力。
1989年1月在馬尼拉，國青隊經過壹年多的訓練（此時主教練換成了蔣興權）奪得了亞青賽冠軍，孫軍幾乎打滿了全部8場比賽，場均拿下20分，是隊裏的核心之壹。這時的孫軍，身高已經長到1米97，摸高在3.50米到3.60米之間，經常在平時訓練和比賽中上演扣籃動作。
1991年的神戶亞錦賽，孫軍得到了他的第壹個成年洲際大賽冠軍。他在這次比賽中打上了國家隊的主力，自次直到2000年後他在國家隊中退出，他壹直是中國男籃當仁不讓的主力隊員。奪冠當天晚上，中國隊和中國臺北隊***同在酒店裏把酒慶功，在相熟的老隊員之間，在青年隊就打過交道的年輕隊員之間，拋開了海峽的距離，舉杯痛飲，唱歌暢談。
1995年八強賽後，廣東宏遠的老板就找到了孫軍，開出了極為優厚的條件。當時還沒有任何關於轉會的文件，吉林隊害怕他壹去不返，於是把情況上報給了中國籃協，籃協遂強令孫軍留在吉林隊。 1997年CNBA聯賽結束後，北京托巴特爾，江蘇隊托胡衛東，希望這些好友能做通孫軍的工作；上海的李秋平，廣東的老板阿海找到他，王非也打來電話讓孫軍到八壹去。
後來奧神的李蘇找到了孫軍，提出只要他加盟就把主場設在長春，經營權和收入都歸東北虎俱樂部，個人待遇壹個賽季至少50萬。這是根本無法拒絕的優厚條件。在簽合同時，東北虎俱樂部總經理張愛軍特意加上了壹條：如果吉林隊進入CBA，合同自行廢止。結果到了9月，空軍隊解散的消息就傳來了。