辦公室
組織協調局機關日常工作，承擔綜合材料起草、重要會議組織、文秘工作、政務信息、督查、保密、信訪、文件檔案、保密、值班、接待、交通目標責任制考核、提案辦理、行政管理和機關後勤保障等工作。
人事處
承擔機構設置、人事管理、公務員考試培訓、幹部職工教育培訓、技術職稱申報評審、社會團體業務管理等工作；指導全市交通行業人才隊伍建設。
政策法規司
研究提出全市交通行業發展政策並監督實施；組織起草全市交通運輸地方性法規草案，承擔相關立法規劃和協調工作；承辦交通運輸規範性文件合法性審查、交通法制宣傳教育和行政執法、行政復議、行政訴訟、行政賠償等法律事務。負責交通行業行政執法監督、行政執法人員培訓和資格審查、行政執法證件發放以及執法證件和執法裝備的監督管理。
綜合規劃辦公室
組織編制全市綜合交通運輸體系規劃和發展戰略；組織起草公路水路行業規劃、中長期發展規劃和專項規劃，參與制定全市物流業發展戰略規劃，提出相關政策標準；承擔相關規劃建設項目可行性研究的前期工作審核；提出全市交通相關專項資金的投資政策、建議和預算並監督實施；指導全市交通行業的統計和信息工作；負責交通樞紐站場規劃、農村公路技術規劃、安全設施規劃和管理。
財務處
制定並組織實施全市交通行業財務會計、國有資產和專項資金管理制度；負責交通發展基金、專項資金、決算、政府采購、信貸、外資利用、收費公路管理的籌集、管理和使用，以及交通國有資產投融資的監督管理；承擔局屬企事業單位財務收支、預算內外資金、領導幹部任期經濟責任、固定資產投資項目、交通基礎設施建設資金使用等內部審計工作，配合外部審計工作。
建築管理辦公室
組織制定全市交通基礎設施建設和維護的政策和制度並監督實施；承擔全市公路水運建設市場的監管工作，維護公路水運建設市場的平等競爭秩序；承擔重點公路水運工程建設項目的項目審查、施工許可、工程造價、質量監督和竣工驗收；指導公路水路交通安全設施建設，參與制定公路水路年度計劃和中長期發展規劃，查處質量安全事故；指導全市農村公路建設。
綜合運輸管理處
參與制定全市綜合交通運輸體系發展戰略規劃，承擔全市綜合交通運輸體系建設和協調工作，監管道路水路運輸市場，指導和監督全市道路水路運輸管理工作；承擔交通樞紐和交通場站的初步設計審查、建設和運營管理；參與道路、水路運輸事故的調查；負責城鄉客運和市場秩序的監督管理，承擔公共汽車、出租汽車、汽車租賃、城市地鐵和軌道交通的經營管理指導，本市跨縣(市、區)客運管理、港航監管和船舶技術檢驗管理。
安全監督與超載管理處(應急管理辦公室)
制定公路、水路安全生產的相關措施和應急預案，並監督實施；指導全市交通行業安全生產和應急體系建設；承擔交通基礎設施建設、公路水路運輸企業安全生產和危險化學品公路水路運輸安全監督管理；依法組織或者參與事故調查處理，組織協調國家重點物資運輸和應急客貨運輸；指導全市交通防洪、防疫、防震和消防安全工作；協調全市突發公共事件的交通保障；負責全市公路治超的監督管理。
科技信息辦公室
承擔全市交通科技和交通信息化建設，組織制定全市交通基礎設施建設和維護的科技、教育、信息化、環保、節能減排等政策和技術規範、規程，並監督實施；編制交通行業科技、技術改造和技術培訓的中長期發展規劃和年度計劃；負責交通行業的技術培訓；開展交通科技開發、成果推廣和對外技術合作與交流；承擔綜合交通運輸體系相關標準的協調工作。
黨委
負責機關和直屬單位黨建工作。
退休人員辦公室
負責機關離退休人員的管理和服務，指導直屬單位離退休人員的管理和服務。
太原市國防動員委員會交通戰備辦公室(以下簡稱市交通戰備辦公室)
承擔市國防動員委員會交通戰備日常工作，組織、管理和指導全市交通戰備工作；隸屬市交通局。
紀檢監察機構按照有關規定設置。