根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第十條規定，下列項目的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣: (壹)用於非增值稅應稅項目、免征增值稅項目、集體福利或者個人消費的購進貨物或者應稅勞務；(二)購進貨物及相關應稅服務的非正常損失；(三)非正常損失的在產品和產成品所耗用的購進貨物或者應稅勞務；(四)國務院財政、稅務主管部門規定的納稅人自用的消費品；(五)本條第(壹)項至第(四)項規定的貨物的運輸費用和銷售免稅商品的運輸費用。根據《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》第二十四條規定，條例第十條第(二)項所稱非正常損失，是指因管理不善造成的被盜、丟失、黴變等損失。
根據上述規定，買方實際收到的物資數量少於開具的增值稅專用發票數量的，經主管稅務機關認定為因管理不善造成的被盜、丟失、黴變、變質等損失的，其差額的進項稅額予以轉出；如果經主管稅務機關認定不是因管理不善造成的被盜、丟失、黴變、變質等損失，而是正常合理的損失，其差額的進項稅額不需要轉出，即可以按照專用發票註明的稅額全額抵扣。當然，對於賣方責任造成的非正常損失，買方可以與賣方協商，作為銷售退貨或銷售折扣處理。
如果對是否屬於非正常損失、進項稅是否需要轉出有疑問，可以向主管稅務機關提交相關資料進行具體確認。
可見，只有超過合理損失的才需要轉出進項稅。對其他正常部分沒有影響，不涉及稅收風險。
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