1、稅種不同：通用發票是由稅務機關統壹印制和管理，用於納稅人向非增值稅納稅人銷售貨物或者提供服務時開具的壹種發票。而增值稅發票則是由納稅人向購買方開具，用於納稅人銷售貨物或者提供應稅勞務時開具的壹種發票；
2、稅率不同：通用發票不含增值稅，沒有稅率；而增值稅發票含有增值稅，稅率壹般為13%或者9%等不同檔次；
3、發票用途不同：通用發票可以用於納稅人向非增值稅納稅人銷售貨物或者提供服務時開具發票，也可以用於納稅人購買商品或者接受服務時索取發票。而增值稅發票只能用於納稅人銷售貨物或者提供應稅勞務時開具發票；
4、發票開具申報流程不同：通用發票的開具和管理都是由稅務機關進行統壹管理，非增值稅納稅人不需要申請，可以直接向稅務機關購買，而增值稅發票的開具和管理需要納稅人提出開票申請並完成相關申報手續。
增值稅發票具有的特征：
1、在發票聯和抵扣聯印有防偽水印圖案，中間有正反拼音字母“shui”；
2、將專用發票的發票聯和抵扣聯背面對光檢查，可以看到水印防偽圖案；
3、發票聯和抵扣聯中票頭套印的全國統壹發票監制章有紅色熒光防偽標記；
4、發票聯和抵扣聯的中間采用無色熒光油墨套印“國家稅務總局監制”字樣和左右兩邊各印有花玫圖案。
綜上所述，為便於稅收管理，增值稅發票在發行時必須與稅務機關的“增值稅登記證”對應，並及時申報稅務機關，報送稅務信息。而普通發票僅作為收支憑據，不受稅收管理。
法律依據：
《中華人民***和國發票管理辦法》第二條
在中華人民***和國境內印制、領購、開具、取得、保管、繳銷發票的單位和個人（以下稱印制、使用發票的單位和個人），必須遵守本辦法。
第三條
本辦法所稱發票，是指在購銷商品、提供或者接受服務以及從事其他經營活動中，開具、收取的收付款憑證。