1998年3月10根據九屆全國人大壹次會議批準的國務院機構改革方案，地質礦產部、國家土地管理局、國家海洋局、國家測繪局聯合組建中華人民共和國國土資源部，不再保留中華人民共和國國家土地管理局。
國務院直屬機構的調整:
1，撤銷中華人民共和國國家稅務總局。將原中華人民共和國國家稅務總局的職能劃入財政部。在地方層面，將取消地方稅務局。
2.取消國家工商行政管理總局、國家質檢總局、國家安全生產監督管理總局和食品藥品監督管理局。原國家工商行政管理總局、國家質量監督管理總局、國家安全生產監督管理總局和衛生部下屬食品藥品監督管理局合並，重新組建，命名為國家市場秩序監督管理總局。
3.取消國家廣播電影電視總局、國家新聞出版總署、國家體育總局。將原國家廣播電影電視總局、國家新聞出版總署、國家體育總局並入文化部。
4.取消國家統計局。原國家統計局並入國家發展和改革委員會。
5.撤銷國家林業局。原國家林業局並入農業部。
6.國家知識產權局被撤銷了。前知識產權局並入教育和科學部。
7.取消國家旅遊局和文物局。原國家旅遊局、文物局並入文化部。
8.撤銷國家宗教事務局。原國家宗教事務局與國家民族事務委員會合並；國務院僑辦、港澳辦、臺辦合並，重新組建並更名為華僑華人及港澳臺民族宗教事務委員會。
9.國家機關事務管理局、國家防腐局並入監察部，成為監察部直屬國家局。