我國土地增值稅實施細則規定，對從事房地產開發的企業，在繳納土地增值稅時允許按取得土地使用權時所支付的金額和房地產開發成本之和，加計20%的扣除。
由於房地產開發成本費用繁多，核算比較麻煩，房地產開發企業在開展土地增值稅清算時，特別是加計20%的扣除時，需要特別註意。
壹、取得土地使用權
(壹)根據《關於印發〈土地增值稅宣傳提綱〉的通知》(國稅函發[1995]110號)規定，在具體計算增值額時，要區分以下幾種情況進行處理：
1.對取得土地或房地產使用權後，未進行開發即轉讓的，計算其增值額時，只允許扣除取得土地使用權時支付的地價款、繳納的有關費用，以及在轉讓環節繳納的稅金。顯然，這種情況沒有規定加計扣除項目。
2.對取得土地使用權後投入資金，將生地變為熟地轉讓的，計算其增值額時，允許扣除取得土地使用權時支付的地價款、繳納的有關費用、開發土地所需成本再加計開發成本的20%以及在轉讓環節繳納的稅金。這種情況雖然可以加計扣除，但在計算轉讓土地使用權加計扣除項目時，僅是對開發成本加計扣除，對土地成本價款不加計扣除。
(二)取得土地使用權時所繳契稅
《關於土地增值稅清算有關問題的通知》(國稅函[2010]220號)第五條規定，房地產開發企業為取得土地使用權所支付的契稅，應視同“按國家統壹規定交納的有關費用”，計入“取得土地使用權所支付的金額”中扣除。根據上述規定，房地產開發企業為取得土地使用權所支付的契稅，應計入“取得土地使用權所支付的金額”，可作為加計扣除20%的基數。
(三)土地閑置費
《關於土地增值稅清算有關問題的通知》(國稅函[2010]220號)第四條規定，房地產開發企業逾期開發繳納的土地閑置費不得扣除。因此，在計征土地增值稅時不能予以加計扣除。
(四)取得土地使用權時政府以各種形式減免或者返還的金額
在計算土地增值稅時，取得土地使用權支付的地價款，應以納稅人實際支付土地出讓金減去因受讓該宗土地時政府以各種形式支付給納稅人的經濟利益。按照房地產企業財務會計制度規定，以上支出在“開發成本”中列支，收到返還的上述資金應沖減開發成本，在進行土地增值稅清算時，應將上述實際支付的政府代收費用從“開發成本”調入“財政部規定的其他扣除項目”，不享受加計20%扣除的優惠。
二、房屋裝修
(壹)裝修費用
《國家稅務總局關於房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》(國稅發[2006]187號)第四條第(四)款規定，房地產開發企業銷售已裝修的房屋，其裝修費用可以計入房地產開發成本，作為土地增值稅的扣除項目。既然規定裝修費用可以計入開發成本，則應當允許土地增值稅加計扣除。
(二)精裝修費用
如果屬於與房屋不可分離，壹旦分離將會導致房屋結構、功能損壞的部分，應當允許土地增值稅加計扣除。但是，對於電視機、壁式空調等可以分離的部分，不得作為房地產開發成本，且不得加計扣除。
(三)舊房的裝修費用
財稅[2006]21號文規定：納稅人轉讓舊房及建築物，凡不能取得評估價格，但能提供購房發票的，經當地稅務部門確認，《條例》第六條(壹)、(三)項規定的扣除項目的金額可按發票所載金額並從購買年度起至轉讓年度止每年加計5%計算。既然房屋的裝修是作為評估其交易計稅價格的因素之壹，那麽在計算土地增值稅的扣除項目時也應該把房屋的裝修成本和費用計入這個建築物的“購建成本”，即對應《條例實施細則》第七條中的(二)項。所以，財稅[2006]21號文中所規定的“每年加計5%”的基數應該包含“購房發票”和“裝修發票”的金額。國稅發[2006]187號文就規定：房地產開發公司銷售精裝修房，裝修成本可以作為“開發成本”加計扣除。從政策的公平性角度考慮，舊房的裝修費用，應該從裝修完工取得裝修發票的時間開始“每年加計5%“扣除。
三、代收費用
實際支付的代收費用可予以扣除，但不允許作為加計扣除的基數。《國家稅務總局關於印發〈土地增值稅清算鑒證業務準則〉的通知》(國稅發[2007]132號)第二十五條規定，對納稅人按縣級以上人民政府的規定在售房時代收的各項費用，應區分不同情形分別處理。
(壹)代收費用計入房價向購買方壹並收取的，應將代收費用作為轉讓房地產所取得的收入計稅。實際支付的代收費用，在計算扣除項目金額時，可予以扣除，但不允許作為加計扣除的基數。
(二)代收費用在房價之外單獨收取且未計入房地產價格的，不作為轉讓房地產的收入，在計算增值額時不允許扣除代收費用。
四、營銷設施費用
在主體建築內修建的售樓部、樣板房等營銷設施而發生的費用，可以加計扣除。根據國家稅務總局納稅服務司於2010年08月23日在《房地產企業單獨修建的售樓部等營銷設施費，在土地增值稅清算中如何扣除?》的回復內容，房地產企業單獨修建的售樓部、樣板房等營銷設施費，應分不同情況處理：
(壹)房地產企業在開發小區內、主體外修建臨時性建築物作為售樓部、樣板房的，其發生的設計、建造、裝修等費用，應計入房地產銷售費用扣除。售樓部、樣板房內的資產，如空調、電視機等資產性購置支出不得在銷售費用中列支。
(二)房地產企業在主體內修建臨時售樓部、樣板房的，其發生的設計、建造、裝修等費用，建成後有償轉讓的，應計算收入並準予扣除。
(三)房地產企業利用規劃配套設施發生的售樓部、樣板房的設計、建造、裝修等費用，如果建成後產權屬於全體業主所有的，其成本、費用可以扣除;如果建成後無償移交給政府、公用事業單位用於非營利性社會公***事業的，其成本、費用可以扣除;如果建成後有償轉讓的，應計算收入，並準予扣除成本、費用。