清理完收入以後，就要對可以扣除的項目進行清理。為了便於後期填制土地增值稅申報表，可以把扣除的項目按以下六大類來進行分類並編制表格：1、前期工程費2、建築安裝工程費3、基礎設施建設費4、公***配套費5、開發間接費6、利息費用這六大類的成本費用，都必須有發票才能進入扣除項目，如果沒有發票是不能進入扣除項目的。有的房地產企業有多個項目，有些成本費用是***用的，怎麽分配呢？我整理了下分配的方法。
把收入和可扣除項目清理好後，就要開始找證據了，證明自己提供的數據真實可靠，比如收入類，如果有些是用來出租的，不用算入土地增值稅收入，那麽就要提供出租合同和發票。準備稅務局要求的各種資料，稅務局要求妳進行土增清算時就會給妳壹套要提供的資料清單，按清單上準備資料就可以了。
把數據和資料準備好以後，就可以進行填制土增清算的表了，壹般稅務局要求4月30日以前提交申請表，紙制版和電子版。5月1日-9月30日是稅務局審核和稽查的時間。這個時間要看各地區稅務局的安排，會有不同。