個體工商戶納稅分三種稅制:查賬征收的稅；定期配額收集；批準的收藏。
個體工商戶納稅，是指個體工商戶應當按照稅務機關的規定，正確建帳，準確核算。對帳憑證齊全、核算準確的個體工商戶，由稅務機關征收稅款。對生產經營規模小、沒有建帳能力的個體工商戶，稅務機關應當對其實行定期定額征收。個體工商戶有壹定情況的，稅務機關有權核定其應納稅額，實行核定征收。
法律依據:
增值稅暫行條例
第二條增值稅稅率:
(1)除本條第2、4、5項另有規定外，納稅人銷售貨物、勞務、有形動產租賃服務或者進口貨物的稅率為17%。
(二)納稅人銷售交通運輸、郵政業、基礎電信、建築業和不動產租賃服務業，銷售不動產，轉讓土地使用權，銷售或者進口下列貨物，稅率為11%:
1.糧食、食用植物油、食用鹽等農產品；
2 .居民自來水、供暖、空調、熱水、燃氣、液化石油氣、天然氣、二甲醚、沼氣、煤制品；
3 .圖書、報紙、雜誌、音像制品和電子出版物；
4.飼料、化肥、農藥、農機、塑料薄膜；
5.國務院規定的其他貨物。
(三)除本條第壹項、第二項、第五項另有規定外，納稅人銷售勞務和無形資產的稅率為6%。
(4)納稅人零稅率出口貨物；但是，國務院另有規定的除外。
(五)境內單位和個人跨境銷售國務院規定範圍內的服務和無形資產，稅率為零。
稅率的調整由國務院決定。